小孩得了川崎病是否發生後遺症，持續多久未有任何定論，一般情況下可自然治癒，但是有時也會在川崎病恢復後發生冠狀動脈腫瘤、膽囊積液，關節炎等情況。
冠狀動脈腫瘤
冠狀動脈擴張在發病第3天即可出現，多數於3～6月內消退。發病第6天即可測得冠狀動脈瘤，第2～3周檢出率最高，第4周之後很少出現新的病變。冠狀動脈瘤的發生率爲15～30%，臨牀心肌炎的存在並不預示冠狀動脈受累。與冠狀動脈瘤有明確相關的一些危險因素包括髮病年齡在1歲以內、男孩、持續發熱超過14天、貧血、白細胞總數在30×109/L以上、血沉超過100mm/h、C反應蛋白明顯升高，血漿白蛋白減低和發生體動脈瘤者。大多數冠狀動脈瘤呈自限性經過，多數於1～2年內自行消退。
膽囊積液
膽囊積液多出現於川崎症亞急性期，也是川崎病在恢復期可發生的症狀，可發生嚴重腹痛，腹脹及黃疸。在右上腹可摸到腫塊，腹部超聲檢查可以證實。大多自然痊癒，偶可併發麻痹性腸梗阻或腸道出血。
關節炎或關節痛
關節炎或關節痛發生於川崎病急性期或亞急性期，也就是在川崎病恢復期間，會出現的情況，也是大小關節均可受累，約見於20%病例，隨病情好轉而痊癒。
神經系統改變
川崎病急性期包括無菌性腦脊髓膜炎、面神經麻痹、聽力喪失、急性腦病和高熱驚厥等，是由於血管炎引起，臨牀多見，恢復較快，預後良好。其中無菌性腦脊髓膜炎最常見，發生率約25%。多發生於病初2周內。部分患兒顱壓增高，表現前囪隆起。少數患兒頸項強直，可有嗜睡、雙眼凝視、昏迷等意識障礙。腦脊液淋巴細胞輕度增多，糖、氯化物正常，蛋白會計師絕大多數正常。臨牀症狀多在數日內消失，面神經麻痹多見於嚴重患者，常爲外周性麻痹，可能是由於血管炎性反應波及面神經，或鄰近部位血管病變，如動脈瘤形成、動脈擴張等，一過性壓迫面神經所致。恢復期由於大腦中動脈狹窄或閉塞引起的肢體癱瘓，則容易遺留後遺症，較爲少見。
其他
肺血管炎在X線胸片顯示肺紋一增多或有片狀陰影，偶有發生肺梗塞。急性期可有尿道炎，尿沉渣可見白細胞增多及輕度蛋白尿。虹膜睫狀體炎較少見。約2%患者發生體動脈瘤，以腋、髂動脈多見。偶見指趾壞疽。
兒童川崎病治療方法
治療川崎病首先採用的藥是最便宜、最常用的老藥——阿司匹林。該藥的作用一方面是消炎，另一方面是防止血小板凝集和血栓形成，預防血管堵塞。早期用量要大，後期可用小劑量。療程要長，至少服2～3個月。一般可用腸溶片以減少阿司匹林對胃腸道的刺激。若經過超聲心動圖檢查已有冠狀動脈擴張或血管瘤形成，那就要一直服藥到病變消失爲止。在服阿司匹林的同時，還可根據病情需要加服雙密達莫(舊稱潘生丁)和華法令(抗凝血藥)，以加強抗血小板凝集和預防血管栓塞。
治療川崎病另一種有效藥是免疫球蛋白。用量要相當大，並要連用4天，可想而知費用就會相當昂貴，但是，效果是滿意的。在起病10天內靜脈滴注該藥，可使冠狀動脈病變的發生率顯著降低。
除上面介紹的治療方法外，患兒應注意休息好，尤其已有冠狀動脈病的患兒更須臥牀休息，恢復期要避免體力活動。口腔、齒齦和咽喉腫痛難以進食的，應予靜脈輸液或給予流質飲食。
兒童川崎病複查時間
出院後家長要堅持帶孩子進行定期複查。已出現冠狀動脈改變的患兒一般要求1-3個月複查一次，冠狀動脈恢復正常後每半年複查一次，連續3次正常後改爲3-5年後複查。
川崎病均可自然治癒
用X光檢查血管(在血管中注入造影劑)，可以發現冠狀動脈中有無長瘤，長瘤的病例極少，而且大多數均可自然痊癒。
