冠狀動脈擴張在發病第3天即可出現，多數於3-6月內消退。發病第6天即可測得冠狀動脈瘤，第2-3周檢出率最高，第4周之後很少出現新的病變。冠狀動脈瘤的發生率爲15-30%，臨牀心肌炎的存在並不預示冠狀動脈受累。與冠狀動脈瘤有明確相關的一些危險因素包括髮病年齡在1歲以內、男孩、持續發熱超過14天、貧血、白細胞總數在30×109/L以上、血沉超過100mm/h、C反應蛋白明顯升高，血漿白蛋白減低和發生體動脈瘤者。大多數冠狀動脈瘤呈自限性經過，多數於1-2年內自行消退。
膽囊積液多出現於川崎症亞急性期，也是川崎病在恢復期可發生的症狀，可發生嚴重腹痛，腹脹及黃疸。在右上腹可摸到腫塊，腹部超聲檢查可以證實。大多自然痊癒，偶可併發麻痹性腸梗阻或腸道出血。
關節炎或關節痛發生於川崎病急性期或亞急性期，也就是在川崎病恢復期間，會出現的情況，也是大小關節均可受累，約見於20%病例，隨病情好轉而痊癒。
川崎病急性期包括無菌性腦脊髓膜炎、面神經麻痹、聽力喪失、急性腦病和高熱驚厥等，是由於血管炎引起，臨牀多見，恢復較快，預後良好。其中無菌性腦脊髓膜炎最常見，發生率約25%。多發生於病初2周內。部分患兒顱壓增高，表現前囪隆起。少數患兒頸項強直，可有嗜睡、雙眼凝視、昏迷等意識障礙。腦脊液淋巴細胞輕度增多，糖、氯化物正常，蛋白會計師絕大多數正常。臨牀症狀多在數日內消失，面神經麻痹多見於嚴重患者，常爲外周性麻痹，可能是由於血管炎性反應波及面神經，或鄰近部位血管病變，如動脈瘤形成、動脈擴張等，一過性壓迫面神經所致。恢復期由於大腦中動脈狹窄或閉塞引起的肢體癱瘓，則容易遺留後遺症，較爲少見。
其他
肺血管炎在X線胸片顯示肺紋一增多或有片狀陰影，偶有發生肺梗塞。急性期可有尿道炎，尿沉渣可見白細胞增多及輕度蛋白尿。虹膜睫狀體炎較少見。約2%患者發生體動脈瘤，以腋、髂動脈多見。偶見指趾壞疽。
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