在便祕之中最常見的是習慣性便祕，也叫做弛緩性便祕，約佔便祕人口的三分之二。這是因爲腸子的蠕動運動遲鈍所引起的。運動不足、水分不足、食物纖維攝取量過少的人，就會引起便祕。
總之，如果糞便在腸子內長時間殘留，壞菌以此作爲食物，不斷繁殖，使得腸內變成壞菌的樂園。
這樣一來，壞菌所製造的阿摩尼亞、胺、硫化氫等有害物質會被腸子漸漸吸收，這些物質會順着血液而循環全身。便祕長久持續後會引起頭痛、肩膀痠痛、肌膚粗糙等各種症狀。
另外，壞菌也會製造出致癌物質，所以會誘發大腸癌等重大疾病。
乳酸菌對於消除習慣性便祕以及暫時性便祕非常有效。便祕的人，場內呈現鹼性，這會使得腸子的功能變得遲鈍。不過如果腸內的乳酸菌佔優勢時，乳酸菌所創造的‘酸’可以改變腸內的環境，將鹼性轉變爲酸性。這會刺激到腸子，使大腸蠕動活潑，促進排便順利進行。
