益生菌是有生物活性的細菌，益生元主要是無生物活性的糖類物質。
益生菌通過調理腸道菌羣，維持腸道菌羣的平衡，從而促進營養物質的吸收、提高免疫力、預防和治療便祕及腹瀉等。
益生元是不能直接被宿主消化吸收，而是維持益生菌的“養料”， 促進益生菌的生長繁殖，或者說是益生菌的專享食物。
益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌的生長繁殖。例如，異麥芽低聚糖，就是一種能夠促進腸道內雙歧桿菌等腸道益生菌生長的優質益生元。
益生元是促進腸道有益菌的生長從而發揮間接作用，益生菌是直接作用。
益生菌是外源細菌，作用更直接。但是，它有較明顯的針對性，即針對不同的病因及體質，添加不同的菌種。
益生元主要是低聚糖，是以未經消化的形式進入胃腸道，通過降低PH值，促進雙歧桿菌等益生菌的生長，間接地促進胃腸道健康和營養素的吸收。
在胃部強酸性的環境下，益生菌作爲添加的外來細菌，其活性在一定程度上會受到胃酸的破壞，只有活着進入胃腸道的有益菌才能發揮功效。
而益生元只是一種糖類，而不是生物，不存在存活率的問題。
免疫系統對於由外部而來的益生菌有識別的過程，當外部添加益生菌時，不同體質可能會產生不同的反應。
而對於益生元來說則沒有這方面的問題。
益生菌菌株存活環境要求高，對生產和包裝工藝都有很高標準要求，益生菌的載體最好是片劑、膠囊和粉末。
益生菌產品必須低溫冷藏保存，這樣才能最大限度地保持其中活性益生菌的數量。如
乳酸製品中的益生菌，一般保質期在1個月內，冷藏溫度控制在2~10℃左右。
益生元的生產和保存的工藝則沒有這方面的嚴格要求。
