1.從概念上來區分
益生菌是一種存在於人體腸道內的、對人體能夠發揮有益作用的微生物，也就是說，益生菌是一種活的細菌。而益生元則是一種膳食補充劑，通過刺激益生菌的生長和活性從而對人體產生有益的影響，換句話說，益生元是益生菌的“食物”，是沒有生命的。
2.從作用上來區分
益生菌可以直接作用於腸道，促進蛋白質水解，碳水化合物分解，合成人體所需的B族維生素等，有助於食物消化。但是，益生菌有比較明顯的針對性，不同的菌種產生的作用是不同的。而益生元並不能直接對人體起作用，它只能通過餵養益生菌間接促進腸道健康。但是，益生元的作用更加多元，除了能爲益生菌提供養料，還能抑制有害菌，降低腸道PH值，促進腸道產生免疫蛋白，提高腸道的免疫力。
寶寶剛從母體出生時，腸道是無菌的，出生以後通過進食，腸道內會逐漸增加細菌，但此時由於寶寶的食物種類有限，寶寶腸道內的細菌也是有限的，因此需要從額外補充益生菌。
也就是說，2-3歲以內的寶寶調理腸胃首選益生菌，因爲益生菌的作用更加直接，而且沒有益生菌的話，補再多的益生元效果也很有限。
一般來說，奶粉中都含有益生元，如果寶寶沒有特殊情況是不需補充益生元的，如果寶寶出現了消化不良、腹瀉、免疫力差、反覆生病等情況時，可以考慮補充益生元。
1.嬰幼兒的胃酸PH值較高，很容易影響益生菌的活性，所以寶寶應該在飯後30分鐘補充益生菌會更好。
2.可以用奶瓶給寶寶衝調益生菌，衝調的水溫控制在40度左右，水溫太高會殺滅益生菌，影響其活性，而且40度的水溫也是寶寶能接受的溫度。
3.益生菌是爲改善腸胃問題提高免疫力用的，當寶寶沒有腸胃問題就不需要額外補充。
4.當寶寶生病時可能會用抗生素，抗生素會抑制益生菌，所以在這期間不適合補充益生菌。
