哈密瓜籽中含多種藥用生理活性成分和生物活性物質，具有補腎填精、增強性慾、健胃、消食、修復腸胃潰瘍、潤肺生津、止咳化痰、清理腎臟、利尿排石、活血散瘀、可接筋骨等功效。(載自《本草綱目》《藥物之源》《維吾爾藥卷》)
哈密瓜籽有很強的抗氧化活性，用其提煉出的精油有好的美容功效。比如有極強的保溼效果，可使皮膚更滋潤細膩，另外還有顯著的祛斑功效，能幫助消除各種黑斑。
能吃。
哈密瓜籽沒有毒性，所以是可以食用的，不過因其口感較硬，很多人都不喜歡吃，所以習慣了去籽食用。
直接吃
哈密瓜若是還沒有完全成熟，其籽也還沒變老，不是很硬時，可連籽和果肉一起食用。
炒着吃
哈密瓜的籽若是已經成熟，就可像南瓜子一樣，先收集起來，並用清水沖洗乾淨，然後曬乾，加點鹽炒熟，像吃南瓜子或葵花籽一樣食用。
