子宮內膜異位症一般不嚴重，屬於良性疾病，根據內膜異位症手術分期能判斷內膜異位症嚴重程度。一般在手術過程當中，子宮內膜異位症分爲四期。一二期比較輕，三四期的比較重。不論輕重，都有治療辦法。這個病一般隨着絕經之後症狀會減輕消失。如果接近絕經期的女性可以治療使其提前絕經，如果是年輕女性，主要是保留生育功能，儘早完成生育，然後再進一步治療。
子宮內膜異位症的治療主要包括藥物治療和手術治療，根據患者不同年齡、不同子宮、內膜異位症的嚴重程度，來選擇治療方法。
藥物治療適用於有生育要求的女性，常用的藥物有非甾體抗炎藥，可以達到止疼的效果，還包括口服短效避孕藥及孕激素，抑制子宮內膜異位細胞的生長，另外常見的還包括GnRH-A類藥物，臨牀上常見的有亮丙瑞林和戈舍瑞林等。
如果藥物治療無效，或藥物治療後病情加重，可以採取手術治療，手術治療又分爲不同的手術方式，可以採取保留生育功能的手術，將內膜異位的病竈進行去除，也可以採取保留卵巢功能的手術，切除盆腔內的所有病竈及子宮，但保留至少一側或部分卵巢。最後是根治性手術，將子宮雙附件及盆腔內所有肉眼可看到的異位病竈進行切除，以上是主要的治療方法。
子宮內膜異位症的治療，包括藥物治療和手術治療。藥物治療，一般主要包括口服避孕藥、米非司酮、內美通、丹那唑、GnRHa等等，這些藥物治療，一般用藥期間症狀會明顯緩解，有時包塊甚至會縮小，但是停藥後，一般都會復發，包塊也會恢復到治療前大小。所以，內異症藥物治療一般多用於控制症狀，或者接近絕經期女性，藥物治療後，如果能絕經，絕經後就不用再治療了。
手術治療主要包括巧囊剝除、內膜異位竈切除、子宮切除，甚至子宮雙附件切除。一般來說，巧囊剝除、內膜異位竈切除的術後複發率很高，接近百分之四五十。而子宮切除屬於半根治性手術，術後複發率大大降低，一般小於10%。而子宮雙附件切除多用於最嚴重的病變，無法保留卵巢者，這種一般術後就不會再復發。
