子宮內膜異位症是激素依賴性疾病，主要和雌激素水平有着密切關係，雌激素是女性重要的激素，通俗的來講只要有月經雌激素就會在體內發揮作用。子宮內膜異位症的治療是很難根治的除非月經閉止，月經來潮以前和月經閉止以後很少發生子宮內膜異位症。子宮內膜異位症的治療，目前也是醫學界關注的熱點，主要集中在消除和減滅內異症的病竈，減輕和緩解引起的主要疼痛症狀，提高受孕機率，減少復發，是臨牀治療的原則。
目前對內異症的治療有中醫，中西醫結合和西醫治療，西醫的治療是藥物治療和手術治療，中醫的治療主要是辨證治療，在臨牀用的比較多的就是中西醫結合治療，通過中西醫結合能夠很好的抑制病竈增大，甚至可以消除病竈能夠明顯的減輕或者是消除疼痛症狀，受孕都有很大的提高。臨牀上提倡患者一定要中西醫結合治療，才能達到比較好的治療效果。
子宮內膜異位症的治療主要包括藥物治療和手術治療，根據患者不同年齡、不同子宮、內膜異位症的嚴重程度，來選擇治療方法。
藥物治療適用於有生育要求的女性，常用的藥物有非甾體抗炎藥，可以達到止疼的效果，還包括口服短效避孕藥及孕激素，抑制子宮內膜異位細胞的生長，另外常見的還包括GnRH-A類藥物，臨牀上常見的有亮丙瑞林和戈舍瑞林等。
如果藥物治療無效，或藥物治療後病情加重，可以採取手術治療，手術治療又分爲不同的手術方式，可以採取保留生育功能的手術，將內膜異位的病竈進行去除，也可以採取保留卵巢功能的手術，切除盆腔內的所有病竈及子宮，但保留至少一側或部分卵巢。最後是根治性手術，將子宮雙附件及盆腔內所有肉眼可看到的異位病竈進行切除，以上是主要的治療方法。
子宮內膜異位症是進行性加重的疾病，如果不進行治療患者的臨牀症狀會越來越嚴重，而且放任不管的情況下它會影響到患者的卵巢功能、排卵，會影響到患者受孕，所以在臨牀當中一旦檢查出來多是進行干預。
子宮內膜異位症主要是因爲子宮內膜的間質和腺體，異位到患者的子宮內膜以外的部位，這些異位的病竈受到卵巢性激素的週期性作用，而出現週期性的剝脫、出血。在子宮以外的子宮內膜異位症病竈剝脫出血之後，沒有辦法排出體外，而只是在病變的局部不斷堆積，所以它是進行性加重性的疾病。患者不經過積極治療的情況下，臨牀的痛經、性交痛、繼發性不孕，患者嚴重時出現腹瀉、便血、尿血等臨牀症狀，嚴重威脅着患者的身體健康。
