子宮內膜異位症主要表現是下腹部的疼痛和痛經，而且痛經是進行性加重。疼痛的部位一般會出現在下腹或者是腰骶部，還有盆腔的中間部位，有的時候會陰部、肛門、大腿處也會出現疼痛。一般是在月經來潮的時候出現，而且在整個月經週期都會出現疼痛的現象。
子宮內膜異位症最典型的症狀是繼發性痛經，並且逐漸加重。什麼意思呢?就是原來沒有痛經的出現了痛經，並且越來越重。疼痛主要是在下腹部，多數人是在經期的時候痛，有部分人可能是在月經乾淨以後痛，也可能表現爲在月經前痛，這種疼痛可能會放射到會陰部、肛門以及大腿。這個疼痛和病竈的大小不一定完全成正比，大約有40%的人表現爲不孕，還有50%的人可能出現性交的時候疼痛、不舒服。
有1/3的人會出現月經異常，可能是經量增多、經期延長，或者是月經前的點滴出血，或者月經淋漓不盡等等。
極少數的子宮內膜異位症，因爲異位在其他的器官，比如腸道，可以出現便祕、腹瀉甚至少量的便血，出現在膀胱子宮內膜異位症，可能出現尿頻和尿痛，極少數人可能出現在肺部，會出現咯血，這種很罕見。
子宮內膜異位症的治療通常強調的是個體化的差異，對於程度特別輕微的患者，可定期隨訪，不做特殊的處理。
如果有痛經的患者，可以使用一些前列腺素的抑制劑去緩解痛經疼痛。
但是對於有生育要求的患者，一般不主張慢慢的等待，而是儘量及早建議去計劃妊娠。
剩餘的絕大部分患者一般常見的處理方法分爲藥物治療及手術治療兩種方式。
第一種，藥物治療，藥物治療的原理一般即爲了降低或者抑制體內週期性的激素升高，如使用一些口服的避孕藥、人工合成的高效孕激素、促性腺激素釋放激素等等一些。
但是當藥物治療的效果不理想，局部的症狀加重，比如卵巢巧克力囊腫增大或者長時間不孕的時候，則可以考慮手術治療，一般首選的是微創手術腹腔鏡。由於腹腔鏡創傷小，恢復快，同時術中可以爲該種疾病的分期進行生育指數的評分，這樣對於有生育要求的女性，術後生育的指導有相當重要的價值。因爲該種疾病手術只能夠將肉眼所看到的病竈進行清除，但一些極其微小的病竈，無法完全清除，故而手術後易復發，多半是半年到一年後。
因此，對於有計劃生育要求的女性，建議術後儘量到正規的生殖專科進行指導生育的檢查，以免錯失術後的黃金懷孕時間。而對於那些範圍極大的患者，在術前可以先考慮藥物預處理，縮小病竈後方便手術。
