巧克力囊腫患者雖然能夠正常排卵，但囊腫會導致輸卵管機械性堵塞和粘連，影響卵巢的正常排卵功能，破壞卵巢組織，如雙側卵巢癌使卵巢的大部分組織破壞，甚至是患者營養。影響受精卵或胚胎的輸送。所以其不孕的發生率較高。因此卵巢巧克力囊腫會引起輸卵管堵塞，從而造成不孕。
巧克力囊腫輕則只會引起疼痛和月經不調，重則由於囊內壓力過高，輕微的動力就會引發囊腫破裂導致感染瀰漫性腹膜炎，流至盆腔的血就會刺激腹膜，導致劇烈疼痛，並且會引起盆腔粘連。如果囊腫導致導致輸卵管堵塞就會引發不孕的危險。因此，要密切觀察囊腫的情況，如果囊腫增大到3-5cm以上就要引起重視了，要儘快進行巧克力囊腫剝脫術，否則一旦自發破裂後果將不堪設想。
巧克力囊腫囊壁通常較脆弱、沒有彈性，經血逐漸增多聚積，導致囊內的壓力愈發增高，比較薄弱的囊壁就有自發破裂的傾向。囊腫破裂後，如果破口較小就可以很快自行癒合並與周圍的組織形成粘連;如果破口較大則無法自行癒合，其濃稠的巧克力樣囊內液就會流入腹腔。這種巧克力樣液體的刺激性極強，可刺激周圍的腹膜，引起劇烈的腹痛，如果處理不及時，還可能導致瀰漫性腹膜炎造成致命的後果。
巧克力囊腫隨着時間的增長而不斷增大，囊內積血增多、壓力再次增大時，從而有可能發生自發性破裂。囊腫破裂後流至盆腔內的積血，刺激腹膜，引起劇烈腹痛，從而導致盆腔器官的粘連。女性患有內異症經常會出現月經週期縮短、經量增多或經期延長等現象，從這可以說明患者有卵巢功能障礙表現，所以要格外注意。
如果有卵巢巧克力囊腫的話，那麼月經是肯定會受到一定的影響的。月經受到的影響一般就是月經的週期會被打亂，還有就是月經的量也會和之前不正常。有的是越來越少有的則是越來越多，但是不管是屬於哪一種都是不正常的。而且有一部分患者在每一次來月經的時候都會感覺到有比較明顯的痛經症狀。
異位在陰道穹窿部子宮內膜結節、直腸凹陷結節、粘連或卵巢粘連盆底時，就會導致性交痛。異位在闊韌帶後葉病竈增生、收縮明顯，壓迫輸尿管，出現泌尿系統症狀。
由於巧克力囊腫發生扭轉或者破裂的情況，出現陣發性劇烈的腹痛，而囊腫會壓迫鄰近生殖器官的尿路系統，使女性出現尿頻、便祕的現象，也有一些患者會發生週期性血尿的情況。
巧克力囊腫是一種非常高發的婦科疾病，對女性身體的危害也很大，如果您不幸患病了一定要及時就醫，不要一拖再拖，一定要重視起來!
