卵巢巧克力囊腫是一種良性疾病，其並不嚴重，但具有惡性生物學行爲，即容易復發。其除了生長在卵巢以外，還可以累及韌帶、直腸窩，形成小種植結節，引起身體的不適，甚至惡變。所以應該積極治療，卵巢巧克力囊腫主要造成的問題是疼痛、不孕，經過積極的治療能夠有效緩解疼痛，可以保證正常學習和工作。
對於巧克力囊腫引起的不孕，早期時積極治療，患者可以懷孕，但如果不進行積極治療，年紀超過40歲以後再進行治療，生育希望很小。卵巢巧克力囊腫，如果不進行積極的治療，囊腫會逐漸長大，痛經會逐漸嚴重，甚至囊腫長大到一定程度產生破裂，尤其在經前期後破裂，會導致劇烈腹痛，造成進行急診手術，急診手術不如擇期手術準備充分。若長期沒有任何干預，任其隨意生長，有1%以上的惡變概率。
巧克力囊腫也叫子宮內膜異位症，如果不治療，囊腫有可能會越來越大，巧克力囊腫破裂，會引起廣泛的盆腔粘連，引起慢性的腹痛。
另外，巧克力囊腫是出現痛經的主要原因，如果是巧克力囊腫增大的比較明顯，或者是痛經比較嚴重，還是建議做手術治療，因爲有的時候巧克力囊腫時間長，可能會出現惡變。如果是出現排腸粘連，會造成不孕症，對以後的月經，以及能不能懷孕，都會造成嚴重的影響。
第一個，保守治療，主要是對於巧克力囊腫的直徑小於五釐米，症狀不嚴重，並且沒有生育要求的一些人可以用一些口服的藥物，或者是應用一些鎮痛的藥物緩解症狀。
第二個，手術治療，卵巢巧克力囊腫常常會破壞輸卵管或者是卵巢，所以經常會合並不孕，如果達到了兩年以上正常的性生活而沒有懷孕，就要進行腹腔鏡下將巧克力囊腫剝除掉同時探查輸卵管的通暢度，也就是輸卵管通液。
第三個，可以對於痛經和月經量偏多的女性，可以上曼月樂環緩解痛經和月經多的症狀。
所以對卵巢巧克力囊腫，要根據患者具體的情況，在醫生的指導下選擇應用不同的治療方法。
