一般俗稱之爲：“腹瀉奶粉”。
這種奶粉主要用於原發性乳糖不耐受和繼發性乳糖不耐受的嬰兒。
患這種病的孩子因爲乳糖酶缺乏或者乳糖酶活性減低，因此飲用含有乳糖的配方奶會引起腹瀉而且長期不愈，因此需要選用不含乳糖的配方奶粉，多以葡萄糖多聚體，蔗糖，麥芽糖糊精，玉米糖漿等來代替乳糖。
對於繼發性乳糖不耐受患兒，食用無乳糖配方奶粉大便正常後還要繼續使用2~3周，待小腸絨毛上的乳糖酶完全修復後才能停用，置換回一般的配方奶粉需要採用漸進式換奶方式。
這種奶粉針對苯丙酮尿症患兒。
苯丙酮尿症是由於嬰兒苯丙氨基酸代謝障礙引起的，是一種常染色體隱性遺傳疾病，需要採用限制飲食治療，而且必須從新生兒或嬰兒早期開始才能避免對神經系統的損傷，因此要選用低(無)苯丙氨基酸水解蛋白配方奶粉。
特殊醫學用途配方奶粉：針對牛奶蛋白過敏的奶粉
1、水解蛋白配方奶粉
是指經過特有的水解技術，將牛奶中的蛋白質(包括酪蛋白及最容易引起牛奶過敏的β-乳球蛋白)水解成分子較小的肽鏈，這樣便可大大降低牛奶的致敏性，但不影響氨基酸的含量,其滲透壓低,不通過胃腸道消化可以直接吸收,含渣量少或無渣,可以減少孩子的糞便量.適用於對牛奶蛋白過敏的孩子,也是醫生喜歡選擇的一種具有治療意義的奶粉,但是價格比較貴,味道可能不如普通嬰幼兒奶粉。
根據蛋白的水解程度，水解蛋白配方奶粉可分爲部分水解蛋白配方和完全水解蛋白配方。蛋白水解得越完全，致敏性越低，但完全水解蛋白對脂肪的溶解性差，影響對脂肪的吸收，可用於大部分輕到中度牛奶蛋白過敏的飲食治療。
部分水解蛋白配方奶是通過專門的蛋白水解工藝，把高致敏性的普通牛奶蛋白變成低致敏性的小分子蛋白，從而減少孩子過敏的風險，只能作用於食物過敏的飲食預防。
目前只被推薦給那些父母雙方至少一方有過敏史的所謂有高風險的孩子。它與普通牛奶配置的配方奶粉相比，營養成分相同，過敏源含量少，與深度水解和氨基酸配方奶粉的味道相比比較可口，容易被孩子接受。使用時可直接停用原配方奶粉更換成水解蛋白奶粉，但是從水解蛋白奶粉要換回一般嬰兒配方奶粉時，則需採用漸進式換奶方式。
2、氨基酸配方奶粉(又稱‘無敏配方奶’)
蛋白質的基本單位是氨基酸，人體攝入的食物蛋白在體內首先需要分解爲氨基酸，然後才能被機體吸收利用。氨基酸配方奶粉是將牛奶蛋白質完全水解爲氨基酸，對嬰兒腸胃沒有刺激，無致敏性，適合對蛋白質過敏的嬰兒食用以及作爲對牛奶蛋白過敏的輔助診斷用。與深度水解蛋白奶粉相比，氨基酸奶粉實在預防蛋白質過敏方面效果更好。因爲氨基酸配方奶粉既無牛奶蛋白也無乳糖，所以乳糖不耐受患兒也可以作爲治療食用。
早產兒/低出生體重兒配方是專爲生長快速但不能得到母乳的早產兒/低出生體重兒設計。
其所含熱量高，達80kcal/100ml(普通配方爲67 kcal/100ml);蛋白質含量高且易被利用;所含其他營養素也符合快速生長早產兒的需求，可用到體重達4～5公斤。但仍不如母乳+母乳營養補充劑好。
