目前對扁桃體結石的成因尚無定論，主流說法是煺化或壞死組織鈣化堆積而成，也有部分學者認爲它是類似小唾液腺體阻塞所引發的結石，或是細菌、黴菌及其分泌物的混合體等。
充水分：口腔太乾燥時，扁桃體凹槽容易殘留異物，喝水能協助清除口腔內細菌，以及改善口腔內的異味。
口腔清潔：口腔衛生不良與扁桃體結石有密切關係，培養良好的漱口習慣，可以改善症狀。
治療上一般先考慮保守的方式，如果症狀不嚴重，可以透過改變口腔清潔習慣，多漱口，或請專科醫師定期局部清除;如果已經造成扁桃體反覆腫脹發炎，甚至扁桃體出現化膿，可以考慮摘除該側扁桃體。
部分醫學報告提出，5歲後扁桃體的免疫功能逐漸被其他器官替代，如果病人長期受扁桃體發炎所苦，可以考慮切除扁桃體。不過人體器官每個人表現差異大，不是每個人的扁桃體在5歲之後都沒有功用，必須與醫師討論出最佳治療方式。
