研究發現，對牛奶過敏的寶寶中有絕大部分對羊奶也過敏，羊奶蛋白與牛奶蛋白有很大程度的一致性，考慮到交叉過敏，目前並不主張對牛奶過敏的嬰兒推薦非牛奶奶製品。
牛奶中含有多種蛋白質，是嬰兒期主要的食物蛋白來源。嬰兒牛奶過敏，實際上是對牛奶中的蛋白過敏，也就是說，是寶寶體內的免疫系統對牛奶蛋白發生了過度反應。如果是母乳餵養的嬰兒，過敏反應則是由於母親食用消化的牛奶蛋白通過乳汁餵給了嬰兒；如果是配方奶餵養的嬰兒，過敏反應則是由於配方奶中含有牛奶蛋白。兩種情況均會使免疫系統產生反應，將這些蛋白質視爲外來物質，出於自我保護而釋放一些天然物質（如組胺），導致嬰兒可能出現的過敏症狀。其中α-乳清蛋白、β-乳球蛋白是引起牛奶過敏的主要變應原。早期診斷及正確的治療有利於減輕疾病對生長髮育的影響。
寶寶牛奶蛋白過敏可以不喝奶只吃輔食嗎
如果寶寶大了，可以考慮用輔食替代牛奶，但牛奶蛋白過敏的寶寶往往還不到6個月，胃腸道消化能力不夠，輔食的營養不能有效吸收，所以完全用輔食替代牛奶，會影響寶寶的生長髮育。因此應視情況而異。
1、嬰幼兒必須吃奶製品的時候，出現牛奶過敏，就要改吃特殊配方奶粉——水解蛋白配方奶粉。《歐洲兒科胃腸、肝病及營養學會胃腸專業委員會應用指南》 提及，對人工餵養兒來說，應嚴格禁止食用牛奶爲基質的配方粉、含牛奶蛋白的輔食及其它奶製品，如羊奶等。迴避期間的食物應是深度水解配方（eHF）。對出現過嚴重過敏或危及生命的表現者，應首選氨基酸配方（AAF）。
2、對6個月以上嬰兒，確實不能接受深度水解配方的苦味或不能承受深度水解配方的費用，可選豆基配方。若2周內症狀沒有改善，說明嬰兒對豆基配方也過敏或對多種食物過敏，只能選擇深度水解配方。對2歲以上幼兒或兒童，迴避期間食物應爲固體食物和不含牛奶蛋白的液體食物。
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