南瓜子中的鐵元素含量非常豐富，尤其適宜素食主義者補鐵，常吃南瓜子有助於補鐵和防止缺鐵性貧血。
南瓜子平時多作爲食材食用，在中藥裏南瓜子主要被用來殺蟲，配以檳榔汁等對絛蟲、蛔蟲、血吸蟲、絲蟲等多種體內蟲有很好的滅殺效果，一般在食用兩小時後就能通過大便排除完整蟲。
南瓜子中含有很高的抗氧化劑和植物化學物質，調節免疫系統，以減少病毒的感染，如感冒、 流感、 疲勞和其他疾病的可能性。
南瓜子中富含色氨酸，而色氨酸是合成催眠成分5-羥色胺的必需成分，所以常吃南瓜子可以促進睡眠。
保護神經元
南瓜子是神經系統維持正常功能所必需的營養成分，有助於產生伽瑪氨基丁酸，在大腦出現生氣、緊張或處於其他不利狀態時，提高大腦的應激能力。
南瓜子富含不飽和脂肪酸、纖維、抗氧化成分，對心臟有益。其中單一不飽和脂肪酸有助於減低壞膽固醇含量，提升有益膽固醇含量；南瓜子有助於防止冠狀動脈疾病，提升血脂健康。目前在南瓜種子中的鎂已經應用於幫助防止心臟驟停、 中風和心臟病發作，它對血壓水平也有調節作用。
孩子吃南瓜子時，大人要一旁監督，避免發生不必要的意外。加工過的南瓜子不宜給孩子多吃，因爲鹽分太高，熱量也很高。吃多了容易上火。
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