腦炎如果症狀輕微治療的及時，再加上很好的進行餵養，是不會有任何後遺症的，但是對於一些特殊的患者來說，如果症狀嚴重醫治不及時的話，很容易伴隨着一些後遺症的出現。
一般情況下常見的這些腦炎後遺症，是對智力方面的影響，患者的面部表情非常的呆板，而且咀嚼的能力也不是很靈活，有些嬰兒還會表現出身體不由自主的出汗，所以在出現了腦炎之後，就應該馬上的去醫院接受正規的治療，只有及早治癒才能幫助身體快速恢復。
1、病毒性腦炎：直接病毒感染，病毒性感冒、腹瀉治療不及時，病毒轉移到血液，透過血腦屏障感染腦組織造成腦炎。麻疹治療不及時可引起亞急性硬化性全腦炎。流行性乙型腦炎是由一種嗜神經性病毒進犯腦組織引起。
2、細菌性腦炎：多種細菌均可引起，腦膜炎球菌致病性最高，依次爲流感桿菌、肺炎桿菌、大腸桿菌及其他革蘭氏陽性桿菌、葡萄球菌、厭氧菌。流行性腦脊髓膜炎由腦膜雙球菌引起的化膿性腦膜炎。
3、結核性腦膜炎：是結核分岐桿菌進入腦內的中樞神經系統結核病。
