嬰幼兒腦積水是否會留下腦積水的後遺症，完全要根據疾病發現時的程度，和是否治療及時有直接的影響。
如果休養的好，是不會有什麼大的後遺症的。但如果並沒有好好的休養，那是有可能會有後遺症的。
1、如能及時手術根治阻塞的原因，則有可能達到臨牀痊癒。如阻塞原因難以解除，或合併其他先天畸形，則預後不良。部分(約1/3)腦積水患兒的病情可以自然靜止，不再發展。腦積水常見的後遺症爲大頭畸形、精神發育遲滯、癲癇及失明等。
2、未經治療的先天性腦積水患兒，雖然有大約20%可停止發展，腦脊液的分泌和吸收趨於平衡，稱爲靜止性腦積水。但是約半數患兒可在1年半內死亡，剩下約半數可以繼續存活的先天性腦積水患兒，僅約15%智商接近正常，2/3以上有神經功能障礙，如共濟失調、痙攣性癱瘓、感知覺障礙等。
3、經過手術治療的腦積水患兒，存活率至少在90%，大約2/3智商正常或接近正常。當然，腦積水患兒的神經功能障礙與腦積水的嚴重程度成正比，如大腦皮質厚度小於1cm，即使腦積水得到控制，也會有神經功能障礙及智力發育障礙。
1、女性懷孕期間性生活必須乾淨，由於性生活不潔引起尖銳溼疣或者是引起一些傳染性疾病，最容易導致胎兒腦積水或者是胎兒畸形。
2、懷孕期間女性不要亂用藥物，女性由於亂吃藥，也會影響到胎兒健康，有可能會導致胎兒腦部發育不正常，引起腦積水。
3、通過B超檢查，可以知道胎兒的情況，胎兒腦積水明顯的話，在懷孕十二週到十八週是可以通過B超檢查出來的，應該及早的終止妊娠，才能夠有效的預防腦積水患兒的出生。
