遺傳因素是引起矮小症發生比較常見的一個因素，如果父母比較矮小，那麼其後代發生矮小的機率也會大大的增加。除了先天性因素之外，還可以通過後天條件培養，孩子也有可能長得高。
如果孩子在平時的生活中存在營養不良的情況，也有可能會造成身材矮小的發生，這種情況一般及時補充身體所需要的營養，情況就會有所好轉。
先天性軟骨發育不全也有可能會引起矮小症的發生，這主要是孩子出生的時候就四肢短小，且生長的速度比較緩慢，會比同齡孩子矮小很多，時間一長，這種差距將會更加明顯。
孩子如果出生的時候腦缺氧、臍帶繞頸以及胎位不正等等，出生之後都有可能會出現生長激素缺乏的情況，從而導致生長的速度不如同齡孩子，從而引起矮小症的發生。
如果孩子患有其他疾病，也有可能會引起矮小症的發生。比如：呆小症、先天性心臟病以及垂體侏儒症等等，或者在生長的過程中出現性早熟的情況，也有可能會引起孩子後天矮小的發生。
