支氣管肺炎爲嬰幼兒常見的併發症，常在痙咳期發生。百日咳桿菌所致肺部病變以間質性肺炎爲主，但常由繼發細菌感染引起。也有痙咳時引起吸入性肺炎。此時體溫可升高，痙咳變爲不典型，但呼吸困難、發紺、肺部溼另外音比較突出。如支氣管被粘液阻塞，可引起肺氣腫；完全性阻塞可致肺不張；如肺泡破裂可引起氣胸、縱膈氣腫或皮下氣腫；如支氣管粘膜及肺間質破壞，日後可導致支氣管擴張。
充血、顱內出血，損傷腦細胞和細菌毒素所致，幼兒多見。有意識障礙、驚厥等。腦脊液多無變化。??表現爲百日咳腦病。系因腦組織缺氧、肺結核惡化，甚至引起血行播散，發生粟粒性結核或結核性腦膜炎。
本病可使原有潰瘍，由於劇咳時腹腔壓力增高，可致臍疝、腹股溝疝、直腸脫垂等。
0-3個月齡：
無熱或低熱，頻率和嚴重度均進行性增加的咳嗽
加以下任一項：雞鳴樣回聲、呼吸暫停、咳嗽後嘔吐、發紺、抽搐、肺炎、密切接觸長期無熱咳嗽的患者。
（此階段也可不出現咳嗽，而僅表現陣發性呼吸暫停、發紺和抽搐）
4月-9歲：
無熱或低熱，陣發性咳嗽超過7天，非膿性鼻炎
加上以下任一項：雞鳴樣回聲、呼吸暫停、咳嗽後嘔吐、發紺、抽搐、肺炎、症狀夜間加重、密切接觸長期無熱咳嗽的患者。
大於10歲：
陣發性乾咳大於2周，非膿性鼻炎，無熱
加上以下任一項：雞鳴樣回聲、呼吸暫停、發作間期陣發性多汗、咳後嘔吐、症狀夜間加重。
寶寶患百日咳注意事項
1、在飲食上，宜吃清淡又易消化的稀軟食品，宜吃新鮮多汁水果蔬菜，宜吃具有順氣、化痰、宜肺、降逆、止咳作用的食物。忌吃過鹹過酸的食物，忌吃辛辣香燥的物品，忌吃黏糯滋膩的飲食，忌吃煎炸炒烤的食品。
2、平時保持空氣新鮮，避免一切可誘發痙咳的因素。良好護理可以預防併發症。並且注意營養。
3、抗生素也可以治療應用於卡他期或痙咳期早期，可降低傳染性，減輕症狀並縮短病程。
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