1.灌腸的藥物成分複雜，如有過量或錯誤使用，很容易損傷孩子嬌嫩的肝腎等重要臟器。
2.灌腸治療之前不做皮試，家長也不清楚具體用藥，孩子可能出現過敏性休克等嚴重後果。
3.直腸滴入不是一種安全、無菌的給藥方式，腸道內含有很多細菌，有可能隨着滴入液進入腸道深處，造成污染。一些抗生素可能殺滅腸道內的有益菌羣，造成體內菌羣失調，導致繼發性感染和腹瀉等。
4.不當的灌腸可能損傷腸道粘膜、改變腸道內酸鹼度，引發直腸細胞的變性、壞死，危害無法估量。
5.長時間的大量液體保留灌腸，會導致水電解質紊亂，嚴重可致死亡。
6.灌腸所用的藥物，因爲沒有藥品說明書的指導，使用的劑量也是五花八門，有的甚至超過正常劑量的數十倍使用。有些操作者還將不能溶解的口服藥物也加入其中，這些固體藥物，即使研磨溶解了，也不能被腸壁吸收。
7.有些將中藥材直接研磨加入灌腸液中使用，這種沒有經臨牀實驗就拿出來的用法，更加危害寶寶的健康。
1.濫用抗生素
把口服藥和注射針劑拿來灌腸都是違規用藥。
2.濫用糖皮質激素和中藥
糖皮質激素本來就不是退熱藥，我國2008 年發熱指南明確規定：反對使用糖皮質激素作爲退熱劑用於兒童退熱。至於本身就沒有經過嚴格臨牀試驗驗證過安全性和有效性的中藥，當然也是不該用的藥，不能想當然用於灌腸。
3.冷水灌腸降溫
治療發燒的目的是改善孩子的舒適度，而不是把溫度降到正常。使用冰水灌腸有點捨本逐末。
1.生理鹽水清潔腸道。比如巨結腸或者嚴重便祕的孩子，需要生理鹽水沖洗腸道。
2.特殊的造影檢查。比如巨結腸患兒，醫生需要把造影劑從肛門灌進結腸。
3.特殊的治療手段。比如治療腸套疊，需要從肛門灌入氣體或水，把套進去的腸子衝出來等。
