由於咽部是飲食和呼吸的必經之路，跟外界相通，所以很容易藏匿病菌和異物，遭到病菌侵襲，引發炎症。
正常情況下，扁桃體黏液腺不斷分泌，可將細菌隨同脫落的上皮細胞排出，保持着機體的健康。但當身體因過度疲勞、受涼等原因而使抵抗力下降時，扁桃體就會遭受細菌感染而發炎。如果治療不規範，細菌可能還會繼續藏在扁桃體中，反覆發作，最後成了慢性扁桃體炎。
出生後由於身體防禦功能的需要，扁桃體在人3～5歲增大較快，免疫功能亦相對活躍。隨着年齡的增長，其免疫功能逐漸爲其他器官替代。腺樣體6～7歲開始萎縮，扁桃體於青春期後亦逐漸萎縮，至成人後僅存少量殘餘組織。因此，扁桃體發炎常見於兒童和青少年中，常見的症狀有吞嚥疼痛、畏寒、發熱、頭痛等。慢性扁桃體炎表現爲咽部乾燥，有堵塞感，分泌物黏稠，不易咳出，口臭，其反覆發作可誘發其他疾病，如慢性腎炎、關節炎、風溼性心臟病等，因此要積極治療。一般治療時首選頭孢菌素，如果藥物治療效果不好，比如一個月發炎一次，甚至一年發病四五次時，就可以考慮切除了。
不少家長擔心孩子扁桃體切除後會影響免疫功能，其實沒必要。一般在5歲以後，扁桃體的免疫功能就比較弱了。雖然它以前是身體的“衛兵”，但隨着年齡的增長，其免疫功能也在下降弱化。當其由防禦器官變成感染的侵入門戶和病竈時，壞處已經大於益處。如果手術適應徵很明顯(比如一段時期內經常發炎發燒，或者因扁桃體病變成爲誘發其他疾病的病竈時)，就可以切除。正常來說，切除後對身體沒有影響。
