一般來說，除了益生菌製劑不宜跟一些藥物(如抗生素)聯合使用，寶寶服用益生菌是沒有不良反應的。
具體分析：
目前有關益生菌有副作用的報道還是極少數，益生菌之所以深受大家的喜愛，跟無副作用是有關的。
服用益生菌的正常反應：
1、只是有一些朋友食用益生菌後會出現便祕，腹瀉，排屁多，肚子咕咕叫，這些不算是不良反應，只是正常的反應。
2、不要僅僅依據大便的次數，還要從氣味、性狀、顏色等方面觀察。服用一段時間的益生菌，大便的形態也會發生改變。
1、含益生菌的酸奶
在健康狀態下，平時可多選擇含益生菌的奶製品作爲零食，傳統的酸奶是由保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌發酵而成，這兩種都是益生菌。而添加益生菌的酸奶是在前者的基礎上，人工添加了雙歧桿菌作爲發酵菌種，常喝可起到保健作用，有益健康。但注意要買新鮮低溫保存的酸奶。
2、含益生菌的配方奶
一些奶粉中加入了益生菌，如雙歧桿菌，可以促使寶寶腸道更健康。
3、含乳酸菌的飲料
超市中的養樂多，其中含有的就是大量乳酸菌。但不可以喝太多，健康狀態下一天不要超過2瓶，如果生病的情況下，要諮詢醫生是否可以喝。
4、新鮮乳酪含益生菌
質地柔軟的乳酪含有較多的活菌，因此，含有活菌的食材或食品都要冷藏保鮮，也只有活菌才能在腸道里繁殖。
5、益生菌製劑
寶寶常用的媽咪愛、回春生、整腸生等都屬於益生菌製劑，但在健康狀態下不宜亂用，建議在醫生指導下使用。
醫生說，其實益生菌在人體內本來就有，而且還有很多，一般是幾十萬億到幾百萬億之多。
寶寶出現消化不良的情況時，通過補充益生菌可以幫助消化和營養的吸收。
人體內本來就有的東西，在缺乏的時候補充一點，不會有什麼不好，一袋媽咪愛含有1.5億的活菌，相對於人體的益生菌來說，九牛一毛，但它們的活性非常高，能夠幫助食物的消化。
如果寶寶的消化或者排泄長期不太好，建議每天在食物中加入一些益生菌補充劑。
科學補充益生菌
因爲益生菌的最大特點是活菌。益生菌菌在保質期內應保持一定數量級，才能起到活菌應有的作用。所以從飲用的效果來說，益生菌要想到達腸胃產生良性作用，首先在銷售過程中要保持存活，所以一般超市將酸奶放在0-4℃環境下，而許多小店都把益生菌酸奶放在常溫下，益生菌存活有限。
益生菌不是萬能藥
益生菌酸奶等食品屬於一種保健食品，具有食療作用。長期食用會對身體產生益處。不像藥品一樣具有很快的藥效。若益生菌做成微生態製劑，就成爲保健藥品。
