到目前爲止，尚未見到B超檢查對胎兒有傷害的報道。由於超聲診斷直觀性能好，檢出率高，操作簡單，診斷迅速，尤其對先天性畸形的診斷敏感性高，因此很受歡迎。
一般在孕20-22周時做超聲檢查，這時胎兒整體及內部結構均能顯示，可以診斷胎兒畸形，特別是神經管畸形，如無頭兒、脊柱裂、明顯的腦積水、腦脊膜膨出等；有些內臟畸形亦可作出診斷，如內臟外翻、內臟膨出、胸水及腹水、巨大膀胱、腎積水、多囊腎、胃腸道閉鎖、四肢短小畸形、聯體畸形、寄生胎、無心無頭畸形等。
用彩色B超還能診斷心臟及大血管畸形。
