緊急避孕藥的危害有很多，偶爾使用一次危害不會太多，但是不要經常使用，緊急避孕藥一般是大劑量的激素類藥物，一次性的服用會使體內的激素水平突然的升高，干擾正常的激素分泌。這種情況下會出現月經提前或是月經的推遲的現象。一般經過一段時間也是會恢復正常的。如果經常的使用可能會導致內分泌的紊亂，月經不調，也可能會出現其他的不適症狀。
有的人可能同房避孕失敗，然後需要緊急避孕，有的人則是不喜歡其他避孕方式然後吃這個事後藥。一般都是不推薦事後藥來避孕的，首先一個原因就是副作用大。
首先口服緊急避孕藥，往往就是一次性的，服過之後停藥可以出現陰道的撤退性出血、下腹痛等，有些情況下可以出現淋漓不斷的出血，需要到醫院進行進一步的診治。同時口服緊急避孕藥之後，一些人會出現噁心、嘔吐、胸脹、腹痛等症狀，這些往往也需要有一些對症的治療。所以還是主張儘量少用緊急避孕藥，減少副作用的發生。
第一，有些女性在用藥後會出現類早孕反應，如噁心、嘔吐，可以服用維生素B6減輕症狀;
第二，避孕藥會影響葉酸的吸收及維生素B12的缺乏，容易造成貧血，建議不要長期服用;
第三，有的還會出現陰道流血，即撤退性出血，或是月經失調，經血排出異常，久而久之也會造成貧血，需要補充足夠的鐵質。
