益生菌不是保健藥物，也不是萬能的，益生菌有它的適應症，不能濫用。同時提醒家長，即使孩子需要服用益生菌，也要注意益生菌製劑中的數量和活菌數量。益生菌不是保健藥物，也不是萬能的，益生菌有它的適應症，不能濫用。同時提醒家長，即使孩子需要服用益生菌，也要注意益生菌製劑中的數量和活菌數量。
對於發育中的正常孩子來說,完全沒有必要額外補充益生菌,即使使用益生菌也是在醫生指導下短期使用,不能長期使用.
最好的方式就是母乳餵養
母乳餵養是一個有菌餵養的過程, 乳房乳管中含有正常的益生菌羣,通過母乳餵養可以將正常菌羣給孩子, 讓孩子儘早建立腸道的正常菌羣,同時母乳含有雙歧因子,在母乳的低聚糖作用下,生成雙歧桿菌或乳酸桿菌。
對於不能母乳餵養的寶寶，最好選擇富含低聚糖的配方奶粉。低聚糖又稱益生元，可以起到調整腸道菌羣微生態平衡的作用，例如低聚果糖可以起到增殖雙歧桿菌的作用。
聰明地進食
食品多樣化，注意富含膳食纖維的食物的攝入
如含麩子比較多的麥粉、粗糧、薯類、豆類、蔬菜（菜苗）、水果、魔芋、海藻等植物性食品，這些食物含可溶性膳食纖維，有助於腸道益生菌的繁殖和發展，可調節腸道菌羣平衡。
不要過多攝入動物性食物，因爲這些食物不含膳食纖維和低聚糖，並且過多食用高蛋白的食物可以促進腸道腐敗菌的生長，產生一些有害物質。
正確使用抗生素
抗生素不但可以殺死致病菌，同時也是益生菌的殺手，尤其是廣譜抗生素。濫用抗生素就會殺死益生菌，破壞腸道菌羣平衡。尤其會增強細菌耐藥性，從而衍生超級細菌。
使用抗生素的原則是：能用窄譜的就不用廣譜的，沒有明確病原菌可以使用廣譜的，一旦明確病因就要選用敏感的窄譜抗生素；能用低級的就不用高級的；能用一種解決問題的就不用兩種，輕度和中度感染不建議聯合用藥，一旦需要使用抗生素，就要用夠劑量、用夠療程，不能隨便停藥。
其他
減少不必要的醫學檢查手段
例如放射檢查和治療也會對腸道菌羣平衡造成嚴重破壞
注意個人飲食衛生
杜絕一切可能造成病菌侵入的部位生環節。
