隨着生物醫學資料的積累，現在很清楚的一件事就是自閉症可以細分爲許多亞型。例如，許多自閉症孩子對各種腦蛋白滴定偏高。類似地，許多孩子有自免疫或過敏症家族病史，還有許多自閉症孩子自己有自免疫或過敏症的跡象或症狀。
當身體的免疫系統對於感知爲入侵者的反應過度時，過敏症就出現了。當一種物質促使身體的免疫系統反應，這種物質稱爲過敏原。當一種過敏原如灰塵或者植物花粉被吸入肺內，它很快就被免疫系統作爲入侵者識別出來。然後免疫系統創造一種抗體來打擊入侵者。例如，爲了應對豚草屬的花粉，人體就製造出免疫球蛋白E，簡稱IgE。IgE抗體附着在稱爲柱狀細胞的組織細胞上和血液中的嗜鹼細胞上。柱狀細胞和嗜鹼細胞(統稱白血球)瞄準過敏原，通過血流遊動，最後把IgE運載到指定的目標。當IgE接近過敏原時， IgE附着在過敏原上，接着柱狀細胞和嗜鹼細胞釋放組胺。這種化學物質使鼻子內膜腫大，形成更多的粘液。於是被感染的人出現鼻塞，打噴嚏，發炎，眼睛發癢，過敏原所在處的皮膚髮癢等症狀。我們服用抗組胺藥物來對抗這些症狀，但正是這些症狀把過敏原包圍並通過粘液把過敏原排出體外。
許多自閉症兒童至少首先表現出免疫失調，要麼反應過度，要麼反應不夠。一些研究者和醫生已經整理出一套理論，當一個病弱的孩子遭遇環境侵害時(例如汞接觸或者接受疫苗中弱化的病毒)，孩子的免疫系統的打擊對象不僅是真正的過敏原而且還包括看起來像過敏原的大腦的分子構造。
自免疫過程的一個祕密是孩子體內有針對中樞神經系統蛋白質髓磷脂保護蛋白質(MBP)的自抗體。一項對比研究把33個自閉症孩子跟18個正常孩子，20個智力遲緩孩子，12個唐氏綜合症孩子做了比較，58%的自閉症孩子體內發現抗髓磷脂保護蛋白質的自抗體，其他孩子中只有9%的機率。這是一個令人振奮的發現，因爲髓鞘形成是人腦發育的重要組成部分。在髓磷脂像護套一樣把神經包圍起來，神經必須依賴髓磷脂纔能有效地傳導能量的脈衝。就像電線的絕緣外層，髓磷脂的脂肪層幫助把電流圍護起來，從而保持神經電信號的完整性。當電線的絕緣遭到破壞或毀壞時，電流就會中斷或者短路。當免疫系統共計自身的髓磷脂時，短路就在大腦裏發生了。神經的軸突就停止正常工作。
自免疫的研究結果爲自閉症的其他亞型及其成因提供了理論支持。如前所述，含有乙烷汞或者活性病毒的疫苗可能早就造成孩子免疫失調，營養狀況失衡，以及體質虛弱。另外，越來越多的臨牀數據顯示一些自閉症孩子患有慢性的，臨牀症狀不明顯的感染症，而這些感染症對於孩子的不良特性具有重要的病因學價值。
