如果脫肛繼發於便祕、腹瀉等疾病，就要積極治療這些原發病，原發病治好了，脫肛多能痊癒。治療期間不能蹲位排便，要立位、側臥位或仰臥位排便，小嬰兒可直着腿把屎把尿，大小孩可坐高盆排便，就是把便盆放在高椅子上拉屎。如能堅持1～2個月，多數脫肛可以痊癒。如改變排便方法後脫肛未愈則可行手法復位，用紗布折成厚墊，壓住肛門，用粘膏將兩臀拉緊粘牢，令小兒臥牀1～2周，堅持臥位排便，多可痊癒。
當直腸脫出後，家長應及時使其復位，以免脫垂部位充血、水腫給復位帶來困難。讓患兒趴在家長的膝上，家長的手指塗上石蠟或麻油，然後緩慢地將脫出的套腸納入肛門內，然後清潔肛周皮膚，用吊帶將紗布墊固定於肛門兩側。若脫出時間長，脫出部位充血水腫，復位有困難，家長應立即帶小孩到醫院診治。對多次用保守治療仍有復發的脫肛小兒，直腸旁酒精注射療法有效。
脫肛的發生與腹肌和肛周肌肉的鬆弛有關，故應注意加強這兩部分肌肉的鍛鍊，增加其收縮力。在家庭中可採用起坐法，即在家長的看護下，將小孩臀部及大腿用力夾緊、伸直，然後讓小孩由平臥位慢慢坐起。若小孩不能完全靠自己坐起，則家長可助其一臂之力。讓小孩坐起後再躺下，連續3~6次，每天做2~3次。也可採用爬行法，要求兩手臂放開，腹部着牀，臀部及大腿、小腿用力夾緊，伸直，利用腹部和臀部肌肉的收縮，一起一伏，蠕動向前，引導小孩向前面爬行，以提高腹肌和肛周肌肉的收縮力量，達到治療脫肛的目的。
將藥液注射到直腸黏膜下層，使黏膜與肌層粘連，或將藥液注射到直腸周圍，使直腸周圍組織，經藥液刺激與直腸產生粘連而使直腸固定，不再脫垂而痊癒，如用藥過量或用刺激性過大的藥物，易引起黏膜壞死，也可因注射不當引起感染、膿腫、直腸壁壞死等併發症，故在應用注射療法時應慎重。
取五倍子、地榆和土黃連各50克(五倍子具有收斂消炎作用，地榆具有涼血解毒作用，土黃連具有清熱去溼作用)，水煎外洗，趁熱坐浴20分鐘，使藥力直接作用於病變部位，一般洗幾次就可見效。
推拿療法
讓患兒取仰臥位，家長用右手掌根部按順時針方向，揉丹田穴(臍下3指)300次。揉時掌根不要在皮膚上滑動，以免損傷皮膚。患兒取俯臥位，家長用右手食指羅紋面揉長強穴(尾骨尖與肛門間的凹陷處)，順時針方向揉200次，7~10天爲一療程。經1個療程的推拿，即可見效。
不能復位的嵌頓性脫肛，或脫出腸段發黑壞死者，可局部熱敷，用抗生素溼敷，插入肛管排氣洗腸，待其自行恢復或脫落。否則須切除脫出部，邊切邊縫，或用電刀切除，出血量均較多，並且術後感染與狹窄的機會很大。肛門括約肌鬆弛或收縮無力者，脫垂部分切除後仍可復發，如脊膜膨出術後形成的脫肛，須作肛門括約肌成形術。或用銀絲箍繞在肛門周圍的皮下組織內，稱肛門周圍箍繞術。對一些嚴重的直腸脫垂患兒，根據其具體情況可考慮行直腸懸吊術，或經骶肛提肌緊縮等手術。
排便後直腸脫出而不能自行回納的嚴重脫肛病兒，家長可用右手拇指輕輕地按壓住脫出的直腸表面，然後稍稍用力將其回納。對於復位後又立即脫出者可在復位後用紗布疊成厚墊壓住肛門，然後再用膠布將兩側臀部橫向拉緊粘固，並讓病兒臥牀休息。1~2個月後，大部分病兒都能康復。
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