症狀多在生後2～12周出現，起病緩慢，多不發熱或偶有低熱，可有輕度呼吸道症狀，然後出現咳嗽和氣促，吸氣時常有細溼囉音或捻發音，少數有呼氣性喘鳴。約50%患兒同時患有結膜炎或有結膜炎病史。
潛伏期6～14天，發病呈感冒樣症狀，常有發熱，咳嗽初期爲乾咳，以後有痰，呼吸困難或輕或重。有相對緩脈、肌痛、胸痛、食慾不振，偶有噁心、嘔吐。如爲全身感染，可有中樞神經系統感染症狀或心肌炎表現，偶見黃疸，多見肝、脾腫大。
臨牀表現無特異性，與支原體肺炎相似。起病慢，病程長，一般症狀輕，常伴咽、喉炎及鼻竇炎爲其特點。上呼吸道感染症狀消退後，出現乾溼囉音等支氣管炎、肺炎表現。咳嗽症狀可持續3周以上。
根據病史和相關症狀即可診斷。
1、病史：
沙眼衣原體肺炎時，常有母親感染史及結膜炎病史，小嬰兒多見。鸚鵡熱肺炎常有接觸病菌及其污染物的病史。肺炎衣原體肺炎年長兒多見，多無病禽接觸史。
2、各類症狀表現如上。
檢查方法
1、X線胸片表現：
（1）沙眼衣原體肺炎：雙肺廣泛間質和肺泡浸潤，過度充氣徵比較常見，偶見大葉實變。
（2）鸚鵡熱衣原體肺炎：從肺門向周邊，特別向下肺野可見毛玻璃樣陰影中間有點狀影。
（3）肺炎衣原體肺炎：無特異性，多爲單側下葉浸潤，表現爲節段性肺炎，嚴重者呈廣泛雙側肺炎。
2、血白細胞總數一般正常，嗜酸性粒細胞增多。
3、衣原體抗體診斷標準爲雙份血清抗體滴度4倍以上升高。
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