當新生兒患有支原體肺炎時，會表現爲發熱、厭食、咳嗽、哭鬧不止等症狀。體溫久高不下，或僅僅是低熱;咳嗽時情況比較嚴重，初期乾咳，之後會有痰液，部分還會帶有血絲。
患兒還會出現喘鳴及呼吸困難的症狀，在用聽診器聽診時會聽見有濁音。鐮狀細胞性貧血患兒併發此種肺炎時，症狀往往加重，可見呼吸困難、胸痛及胸腔積液。
支原體肺炎可伴發多系統、多器官損害。呼吸道外病變可涉及皮膚粘膜，表現爲麻疹樣或猩紅熱樣皮疹等;偶見非特異性肌痛及遊走性關節痛;胃腸道系統可見吐、瀉和肝功損害;血液系統方面較常見溶血性貧血;多發性神經根炎、腦膜腦炎及小腦損傷等;心血管系統病變偶有心肌炎及心包炎。輕重視病情而定。
