早產兒的胃腸道功能問題主要表現在以下一些方面：
1.吸吮和吞嚥反射：嬰兒是靠吸吮和吞嚥來攝取奶液的，但是，早產兒吸吮和吞嚥的協調功能要到34周才能成熟，這些功能如果不成熟，不僅會妨礙經口攝入的充足餵養，而且也容易造成呼吸道吸入。
2.胃容量：早產兒胃容量很小，胃竇和十二指腸動力也不成熟，兩者之間缺乏協調的活動，其收縮幅度、傳播速度及下食管括約肌壓力均是降低的，胃的排空也較慢，因此，早產兒比足月兒更易發生胃食管反流。
3.胃腸動力：胃腸道的蠕動促進食物在胃腸道的消化，早產兒胃腸道動力不成熟，胃腸蠕動往往很弱。胎兒年齡小於31周的早產兒，小腸蠕動幅度低，而且收縮也無規律，幾乎沒有推進性活動，只有隨着胎齡的增加、胃腸功能的成熟，蠕動的頻率、振幅和時間逐漸增加，才能將食物向下推動。這就是爲什麼小早產兒更易出現腹脹、胃瀦留等餵養不耐受問題。早產兒結腸動力也不成熟，當有呼吸窘迫或感染時，常可出現類似於巨結腸的動力性腸梗阻。
4.消化吸收功能：在腸道起着重要的吸收和消化作用的是一些消化酶，早產兒這些酶類分泌少，而且活性液較低，對於營養素蛋白、脂肪、糖的吸收和消化有一定的影響。如乳糖酶在36周時才能達到足月兒水平，因此早產兒常有乳糖不耐受問題。
5.腸道免疫功能：正常的胃腸道有一定的免疫功能，可以防治細菌的合併侵入，如胃酸、腸黏膜、腸道抗體等，早產兒胃酸低、腸黏膜滲透性高、腸道抗體能力弱，因此早產兒容易發生壞死性小腸結腸炎。
