由於小兒的生理特點與成人不同，很多成人能用的藥物，即使在減小劑量的情況下小兒也不宜服用。
如常用的抗過敏藥和抗眩暈藥鹽酸異丙嗪，易致幼兒驚厥，所以3個月以下小兒禁用；馬來酸氯苯那敏，易致兒童煩躁、焦慮、入睡困難和神經過敏，2歲以下兒童慎用；鹽酸苯海拉明對中樞神經系統有較強的抑制作用，新生兒、早產兒禁用；氫溴酸東莨菪鹼有抗膽鹼作用，10歲以下兒童慎用。抗酸藥西咪替丁、鹽酸雷尼替丁、法莫替丁等，其大部分從肝、腎代謝，8歲以下兒童禁用。胃動力藥多潘立酮（嗎叮啉），可致1歲以下小兒發生中樞副作用，故1歲以下小兒慎用。驅腸蟲藥阿苯達唑、甲苯達唑，其大部分從肝、腎代謝，2歲以下兒童禁用；雙羥萘酸噻嘧啶，其大部分從肝、腎代謝，1歲以下小兒禁用。
外用藥對小兒來說也不是絕對的安全。如新黴素滴耳劑可致嬰兒聽力受損，故嬰幼兒慎用。成人用滴鼻淨小兒使用可能引起中毒，甚至危及生命，不可使用。氫化可的鬆軟膏、醋酸曲安奈德軟膏（皮康霜），可致毛細血管擴張，皮膚色素沉着，皮膚乾燥及萎縮，傷口癒合延遲，紫癜等，嬰兒慎用。喹諾酮類藥物（沙星類）口服應用有可能影響軟骨的生長髮育，因此我國規定18歲以下的未成年人不宜應用。
中成藥一般認爲小兒服用比較安全，往往會掉以輕心。其實，不少中成藥小兒也不宜服用。如藿香正氣水，因含酒精，故小兒禁用；仁丹因含硃砂，故嬰幼兒及兒童忌服；麻仁潤腸丸，因其可致瀉，兒童不宜長期服用；龜鹿二仙膏因易致鼻出血、煩躁等，小兒忌服。六神丸是由珍珠粉、牛黃、麝香、雄黃、蟾酥和冰片等中藥組成，其中蟾酥有劇毒，嬰幼兒服用不當易中毒，可出現胸悶、心慌、心律不齊等症狀，此外還常有噁心、嘔吐、口脣發麻，嚴重者可出現神志不清、抽搐或驚厥甚至中毒死亡；六神丸中的雄黃，其主要成分爲三硫化二砷，遇熱易分解氧化，變成有劇毒的三氧化二砷，即俗稱的砒霜，其毒害作用可影響到神經系統、消化系統、造血系統和泌尿系統等。因此，嬰幼兒最好不用六神丸。
近年來研究證明，花粉製劑成分複雜，除含有蛋白質、氨基酸、碳水化合物、脂肪、維生素、無機鹽等營養成分外，還含有許多藥效成分及性激素。如芝麻花粉中含有孕酮、雌二醇、睾酮、促黃體素、催乳素等人體激素；油菜花粉中總黃酮類、谷甾醇、總膽固醇含量較高。玉米花粉、高粱花粉、蠶豆花粉中黃酮甙的含量每100克均在800毫克以上，總甾醇類化合物每100克花粉含量均在2000毫克以上。用油菜花粉餵養小鼠15天，幼雌鼠的卵巢、子宮重量會顯著增重，說明花粉所含的爲量不多的性激素類物質能呈現出顯著藥理作用。因此認爲，不應把花粉製品作爲滋補品向兒童、青少年推薦，以免引起兒童服用後可能會出現性早熟及其他生理功能方面的失調，給身心發育帶來不良影響。
