一般來說，菌血症的症狀，除非患者處於持續性或高水平菌血症的危險性，短暫而低水平的菌血症是無症狀的。典型的表現爲全身感染的體徵，比如說呼吸急促、寒顫、體溫上升和胃腸道症狀。隱性菌血症一般在疾病初期，病人的皮膚往往溫暖而警覺性減退。若不測量血壓則往往不會發現低血壓，隱性菌血症患者低血壓出現較晚。
隱性菌血症是發熱的孩子血流中存在活的病原菌，一般是指外界的細菌經由體表的入口或者感染口進入血液的系統後，在人體血液內大量繁殖，並隨着血流在全身播散，而孩子無明顯感染竈，看上去一般情況良好，可以在門診處理的一種疾病。在1個月～2歲的嬰幼兒中，有4%的發熱是由隱性菌血症引起的。在隱性菌血症中，超過75%的病例是由肺炎球菌引起的。常規的檢驗如白細胞計數，可以協助診斷是否有細菌感染。
出現菌血症的患者往往發生急性的多個器官的轉移性感染，並出現各種急性感染症狀。是否嚴重主要看病情的變化，本病常見的併發症有：繼發性膿胸、化膿性心包炎、腹膜炎、腦膜炎、急性心內膜炎。
