新生兒發病原因比複雜。現代醫學認爲，主要是由大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄菌、克雷白桿菌及B組鏈球菌感染所致。感染的途徑有：
1.宮內感染：母親孕期有感染(如敗血症等)時，細菌可經胎盤血行感染胎兒。
2.產時感染：產程延長、難產、胎膜早破時，細菌可由產道上行進入羊膜腔，胎兒可因吸入或吞下污染的羊水而患肺炎、胃腸炎、中耳炎等，進一部發展成爲敗血症。也可因消毒不嚴、助產不當、復甦損傷等使細菌直接從皮膚、粘膜破損處進入血中。
3.產後感染：最常見，細菌可從皮膚、粘膜、呼吸道、消化道、泌尿道等途徑侵入血循環，臍部是細菌最易侵入的門戶。
