稽留流產的主要原因是胚胎先天性異常、母體因素以及父方因素。
稽留流產從醫學上來是說在胚胎已經停止發育之後的兩個月內，還停留在女性身體之內的情況，這不管是對於女性的生理健康還是心理健康來時危害都是不可小覷的。日前有關醫學研究顯示，對163例稽留流產的女性進行回顧性分析，發現稽留流產患者的基礎疾病構成比前三位分別是胚胎先天性異常(25.77%)包含了遺傳基因因素，內分泌異常因素跟環境因素、母體因素(16.56%)包括了異常孕產史跟妊娠合併內外科、以及父方因素(14.72%)。所以說，稽留流產的主要原因是胚胎先天性異常、母體因素以及父方因素。
大約有60%的早期流產屬於這種原因。引起胚胎先天性異常的原因較多，如遺傳病、孕期病毒感染、孕期食物或化學品中毒等。有人稱，流產是人類在大自然的條件下的汰劣存優過程，看來有一定的道理。
1、遺傳因素：這種情況很多一部分是因爲遺傳的問題造成的，由染色體的數目或結構異常所致的胚胎髮育不良，是流產最常見的病因，尤其是懷孕頭3個月以內的流產，染色體異常者佔50%一60%。
2、外界不良因素的影響：大量吸菸、喝酒，接觸化學性毒物，如鉛、鎘、放射性物質以及嚴重的噪音和振動。上述有害因素可能直接作用於胎兒導致其死亡，或 者通過胎盤影響胎兒。驚嚇和情緒激動等嚴重精神刺激，可引起孕婦機體內在環境失調，誘發宮縮而導致流產。下腹部或外陰部受到撞擊和跌交等，可使胎盤從子宮 壁剝離而引起流產。孕期性生活過頻，劇烈的運動，高溫環境及重要體力勞動，亦是流產的病因之一。孕期婦科或外科手術，如卵巢腫癌切除術及闌尾切除術，手術中的牽拉可激惹子宮收縮而導致流產。
3、內分泌異常：正常情況下人體內各種激素是保持平衡的，如因某種原因使這種平衡打破了(某種激素過多或過少)這就造成內分泌失調，並引起一系列的臨牀表現，如肌膚惡化、乳房脹痛、月經不調、脾氣急躁、黃體功能不足，甲狀腺功能減退症等。內分泌系統是指體內所有的內分泌腺、激素(內分泌腺的分泌物)構成的體液調節體系的一大系統，它與中樞神經系統密切聯繫，並影響行爲和控制生殖等。
母親如果患有一種疾病，比如母親的體質差或患有嚴重的疾病，如急性傳染病，嚴重的貧血和營養不良，生殖道畸形和生殖器官腫瘤，內分泌功能失調，母子血型不合等，均可危及胎兒導致流產。
1研究認爲沙眼衣原體(CT)和解脲支原體(UU)混和感染是稽留流產的病因,單純CT、UU感染可作爲誘因之一。
2研宄表明HIV感染可致稽留流產。
3 TORCH感染是弓形蟲(TOX)、風疹病毒(RV)、鉅細胞病毒(CMV)、皰疹病_HSV-)和其他可致宮內感染(0)的總稱。研究發現TORCH感染可引起稽留流產。
4 多次流產或墮胎、異常孕產史，也會引起稽留流產的出現。
5 高齡孕婦
準媽媽和準爸爸如果有染色體的變異都會遺傳給寶寶，基因突變成爲自然流產的最主要的元兇。一半是由於胚胎的染色體異常造成的。染色體異常包括：數目異常：多見三體、X單體、三倍體等;結構異常：多爲染色體斷裂、倒置、缺失或易位。例如染色體異常、夫妻一方染色體變異、夫妻血型不合等;近年發現一種無症狀的茁精症可導致流產。研究結果顯示，10%一15%的男性精液中含有一定數量的細菌，會影響孕婦，使胚胎流產。
女性要定期做好內分泌相關檢查工作、充分考慮異常孕產史、積極排除內外科疾患、正確把握最佳生育年齡、制定科學的生育計劃、不盲目流產以及加強孕前宣教與檢查皆是有效降低稽留流產發生機率的重要措施。
