紫藥水是臨牀常用的皮膚粘膜消毒劑，具有較強的殺菌及收斂作用，但使用不當時也會產生許多副作用。特別是皮膚較嫩的嬰幼兒。
嬰幼兒最好不用或少用紫藥水。因爲使用不當時可出現毒副作用，小兒可表現爲煩躁不安、易激怒、哭鬧、夜寐不寧、周圍皮膚潮紅、瘙癢或皮疹等。
英國衛生部門對紫藥水的使用範圍和包裝說明已作了新規定。規定中將紫藥水的使用範圍縮小到只能用於局部未破損的皮膚。
而且嚴禁內服，嚴禁塗抹於口腔、肛門、尿路等黏膜處或破損的皮膚傷口上，以防誘發癌症。雖然國內還未發現有人因塗抹紫藥水而致癌，但用量需嚴格掌握。
