懷孕期間不宜服用大豆異黃酮，因為大豆異黃酮本來就屬於一種植物雌激素，孕期服用大豆異黃酮，會通過胎盤進入到胎兒的身體內，導致胎兒的發育受到了一定的影響，比如説男胎可能會出現女性化的現象，女胎就會出現陰道腺疾病。
1、青春期女性
青春期女性還處於生長髮育的過程中，因此一般都不會出現雌激素缺少的現象，這個時候服用大豆異黃酮可能導致未成年女性出現性早熟的情況，影響正常發育。
2、孕期女性
因為大豆異黃酮中含有雌激素，孕婦使用含雌激素的產品後，會出現男胎女性化、女胎陰道腺病的可能。
3、哺乳期女性
哺乳期女性食用含雌激素的產品，分泌的乳汁讓嬰兒食用後會出現性早熟。
4、小葉增生患者
小葉增生的發病跟體內激素分泌變化和平時的情志有關，而大豆異黃酮含有植物雌激素，長期服用可能會與乳腺增生有關。
1、孕婦、哺乳期女性勿用(因相關安全性未知)
2、 儘管研究認為大豆異黃酮能降低乳癌事件及復發率(註8)，但有乳癌病史的女性，尤其是雌激素受體陽性(ER+)乳腺癌患者，最好別大量增加植物雌激素的攝入，包括大豆異黃酮
3、雖然部分研究認長期高劑量大豆異黃酮可能刺激子宮內膜增生，而子宮內膜增生可能與子宮內膜癌有關，但此論點目前仍未經證實。
4、 曾對黃豆製品過敏者勿用，可能產生過敏反應
5、 由於異黃酮代謝與腸道菌有關，因此抗生素療程可能降低異黃酮的生物利用率
6、 勿與抗雌激素藥物selective estrogen receptor modulators 併用，如tamoxifen(動物研究發現高劑量soy isoflavones可能干擾藥物作用)
