傳統藥物治療急性扁桃體炎的方式一般是採用抗菌消炎藥治療，這種局部治療方式的缺點在於只消，而不能清除扁桃體陷窩內的細菌，一旦身體抵抗力降低極易反覆發作，日久則形成慢性病竈。
如果扁桃體炎非常嚴重而且經常發作，使得孩子的全身性健康都受到影響，或是妨礙到了孩子上學、聽力或呼吸，醫生會建議用外科手術將扁桃體切除（扁桃體切除術）。
（孩子必須住院接受這種手術，在手術時還要作全身性麻醉。手術的危險性很小，這種手術可以一勞永逸地解決扁桃體炎的問題。 ）
患兒有以下情況方可考慮體切除：
1、化膿性扁桃體炎反覆發作，曾患扁桃體周圍膿腫，炎症波及鄰近器官，經常發生中耳炎及頸淋巴結炎，扁桃體上常見酪狀分泌物，患兒口臭不適；
2、扁桃體重度肥大，妨礙呼吸、吞嚥和發音，入睡打鼾、睡眠不安；
3、慢性扁桃體炎引起風溼熱、腎炎等疾病；
4、慢性扁桃體炎引起長期低熱、食慾減退、影響孩子的生長髮育。
1、患有慢性扁桃體炎的兒童，反覆多次發作急性化膿性扁桃體炎，其扁桃體內出現很多小“陷窩”，窩內藏有細菌，經常可以看到小膿點或膿性滲出物。當身體抵抗力下降時，細菌大量繁殖，使扁桃體成爲一個“病竈”，必須徹底根除。因爲扁桃體炎多數是由乙型溶血性鏈球菌引起的，這種細菌會引發變態反應，繼發風溼性心臟病、腎小球腎炎、過敏性紫癜等。這些疾病會危害一生的健康。這時，應該請有經驗的醫生確定是否切除扁桃體。
2、扁桃體過度肥大增生，堵塞呼吸道，引起呼吸不暢，入睡後由於肌肉鬆弛，呼吸更加受阻，表現睡眠不佳，有鼾聲、易憋醒、白天無精打采、精神不振。如再有急性炎症發作，阻塞突然加重，可引起嚴重的呼吸困難，甚至窒息，有可能危及生命。這種情況下，在炎症控制後應考慮切除。多選擇進行單側切除，保留一個相對正常的扁桃體。
治療注意事項
1、不要輕易作扁桃體切除術。
扁桃體是人體重要的免疫器官，具有細胞免疫和體液免疫的功能，產生的抗體IgA免疫能力強，可抑制細菌在呼吸道粘膜的粘附、生長和擴散，對病毒有中和與抑制擴散作用，其免疫力在小兒期（3～5歲）最活躍，切除扁桃體將消除局部的免疫反應，降低呼吸道的抵抗力。
2、扁桃體腫大與扁桃體炎區別。
許多家長一聽醫生說孩子的扁桃體腫大，就認爲得了扁桃體炎。其實扁桃體腫大與扁桃體炎是有着本質的區別的，位於咽部的扁桃體是人體重要的免疫器官，1歲以前扁桃體還未充分發育，扁桃體不腫大，得扁桃體炎的機會也不多，1歲後逐漸增大，4～10歲達到高峯，14～15歲逐漸退化，因此扁桃體炎多見於學齡兒童。學齡兒童單純的扁桃體腫大（應稱之爲生理性肥大），無發熱和咽痛，檢查扁桃體無充血，無膿性分泌物，這是正常現象，不必治療，同時小兒患扁桃體炎時扁桃體的大小並不表示其炎症輕重的程度。
3、化膿性扁桃體炎是屬於細菌感染。
細菌在生長繁殖的過程中會產生一些代謝物，引起機體體溫調節中樞改變而發熱，在化膿性扁桃體炎的治療上，使用抗微生物藥之後，細菌在短時間內被大量殺死，在機體內崩解，釋放出大量毒術，導致了反而在使用抗生術後體溫更高，這是一個正常的治療反應，不必着急，高體溫只需對症處理即可。
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