黃連素目前並不屬於孕期禁忌用藥，不過孕婦用藥前最好還是遵醫囑服用，其注意事項裏明確說明是妊娠期頭三個月慎用。
此外還有研究表明孕婦服用小檗鹼(黃連素)可導致新生兒溶血癥，兒童服用可引起急性溶血、嚴重黃疸。
小貼士：孕期如果出現腹瀉問題不要亂用止瀉藥物，以免造成腸道內細菌和毒素排不出去而加重病情，可選用對母子較安全的紅黴素、氨苄青黴素;忌用四環素類、喹諾酮類、磺胺類、甲硝唑等藥，以免對母親和胎兒造成不良影響。
1、抗生素類藥物：如四環素、鏈黴素、慶大黴素、新黴素等。四環素可抑制骨骼發育;鏈黴素、慶大黴素類藥物可損害胎兒腦神經，導致先天性耳聾，還會損害腎功能;新黴素可導致胎兒骨骼發育異常、先天性白內障以及智力障礙等。
2、鎮靜催眠類藥物：苯妥英鈉、安寧等藥物，可導致胎兒肢體、面部及腦等的發育異常。
3、激素類藥物：如黃體酮、乙烯雌酚、雄激素、炔孕酮、炔雌醇、甲羥孕酮、甲基睾丸素、同化激素等對胎兒亦有致畸作用。
4、抗凝血藥物：如雙香豆素、肝素、阿司匹林等，可能導致胎兒頭畸形，並可誘發胎兒出血性疾病。
5、酚噻嗪類精神藥物：抗精神病藥物應在醫生指導下應用。
6、瀉藥：妊娠期禁用，以免發生反射性子宮收縮，從而引起流產。
7、甲狀腺素和抗甲狀腺藥物：如他巴唑等，均有致畸作用，應在醫生指導下應用。
8、抗癌類藥物：如更生黴素、環磷酰胺、塞替派等，可導致無腦兒、腦積水、脣裂、輸尿管缺損、四肢及眼部畸形等。
9、中成藥：凡說明書上注有“孕婦忌用”或“孕婦慎用”的中成藥皆不宜服用。中草藥製劑成分複雜，作用機制多種多樣，所以孕婦要慎服中成藥。
