在男方不能提供精子的情況下，女性有可能就會採用精子庫中捐精者所捐的精液，而這樣有可能會造成兩名或兩名以上的婦女接受同一份精液受精，這就將會導致將來可能有幾位在血緣上屬於同父異母的男女兄妹相結合，造成遺傳性的危害。
在進行人工受孕術時，由於醫護人員進行手術的手法比較粗暴或者操作手法不當，很有可能會對女性造成一些傷害，比如宮頸管損傷、子宮內膜出血等。
在進行手術過程中如果在往女性體內注入精液時注入的數量過多或是速度過快很容易造成下腹痙攣性疼痛。而且過量過快的注入精液、子宮壓力過大很有可能會造成子宮內膜異位症的發生。
因爲進行人工受孕所採用到的精液不能保證是絕對的無菌或者醫護人員操作不當把細菌帶入宮內，很容易誘發如盆腔炎、附件炎等炎症疾病。
爲了提高人工受孕的成功率，一般在進行人工受孕之前都會進行促排卵治療，最常見的促排卵治療方法就是打促排卵針。然而過度的刺激卵巢就會誘發卵巢過度刺激綜合徵，會出現如頭暈、噁心、肝腎功能損害等現象，嚴重的還會造成卵巢早衰，加速更年期的到來，甚至導致卵巢突然增大，伴有卵巢扭轉或卵巢囊腫破裂，還導致腹腔積血、腹水、胸膜反應、少尿、低血壓等問題。
在進行人工受孕之前通常都會打促排卵針或其他促排卵藥物，以提高受孕成功率。打促排卵針很容易導致多個卵子和精子結合造成多胞胎，而多胞胎的發育一般都不如單胞胎，甚至還會引起妊娠併發症，孕婦妊娠高血壓綜合症、早產、流產的概率會大大增加，孕婦的心、肝、腎也會超負荷運轉。
其實不管是什麼手術，多多少少都會有一些副作用的，我們能做的只有把副作用盡可能的降到最低、把安全度升到最高，保持愉悅的心情，迎接寶寶的到來!
