依據多囊卵巢綜合症發生所顯示的家族高度聚集性，因此，遺傳因素是其病因學上一個主要因素。多數多囊卵巢綜合症與基因異常有關，少數多囊卵巢綜合徵有染色體異常，此發病因素很難進行避免，唯有早發現早治療。
腎上腺會分泌大量的雄性激素，使得體內的雄性激素大於雌性激素，使得卵巢處於不正常的情況下，從而影響到腎上腺正常工作情況。
下丘腦垂體功能異常是多囊卵巢綜合症的啓始發病因素，進而導致女性卵巢合成甾體激素分泌的異常，很終造成慢性無排卵，不排卵就不能生育，還有一些外周的雄激素如果過多，也可能被芳香化酶轉化成一些多餘的雄激素，因此就會持續干擾下丘腦-垂體的功能。
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多囊卵巢是什麼原因引起的-胰島素抵抗
部分多囊卵巢綜合症患者，尤其是肥胖患者可表現爲高胰島素血癥和耐胰島素，提示由胰島素抵抗引起。引起胰島素抵抗的原因有多種，多數情況是胰島素受體後信息傳導系統的障礙引起，也可有胰島素受體缺陷引起。
多囊卵巢患者內分泌失調，使得卵泡中的物質處於異常，無法正常發育，卵巢排卵也會出現問題，會有大量的分泌物流出，誘發多囊卵巢的發生。
大多數的多囊卵巢綜合症患者伴高泌乳素血癥，PRL能刺激女性腎上腺皮質細胞的分泌一些雄激素，因爲腎上腺皮質細胞膜上有PRL受體存在。
