治療腹瀉必須尋找到導致腹瀉的原因，才能從根本上解決問題，不能立刻止瀉。
如果腹瀉時大便呈稀水樣，也可形容爲“蛋花湯”樣，往往提示是病毒感染，便常規檢測可能會顯示少許或沒有白細胞、紅細胞/高倍視野;輪狀病毒或腺病毒等抗原檢測爲陽性。特別多見的是輪狀病毒感染，現在很多醫院都可以定性大便輪狀病毒，如果輪狀病毒抗原檢測爲陽性即可確診。
在嬰幼兒腹瀉中，細菌性腸炎佔據少數，常見的是病毒感染，治療病毒性腹瀉的原則是“預防和治療脫水+適宜營養”：
1、口服補液鹽預防和治療輕度—中度脫水;
2、母乳餵養添加乳糖酶，配方奶餵養換成無乳糖配方;
3、益生菌等輔助;
4、有發熱等症狀時用退熱等方法對症治療;
5、避免使用抗生素。
