1、原發性腸套疊 90%的腸套疊屬於原發性，套入腸段及周圍組織無顯著器質性病變。腸套疊可有一個起始點，隨着腸蠕動，其近端的腸管套入遠端的腸腔中。幾乎每個病人術中均可發現位於套入腸段頭部的腸壁淋巴結腫大。腸套疊一般好發於上呼吸道感染或胃腸炎後，50%以上與腺病毒和輪狀病毒感染有關，這也解釋了Peyer集合淋巴結腫大的原因，而腫大的Peyer集合淋巴結凸入腸腔可能正是激發腸套疊的誘因。
2、繼發性腸套疊 腸套疊起始點有明確病理異常的佔2%～12%，包括：美克爾憩室、闌尾、息肉、腫瘤、過敏性紫癜導致的黏膜下出血、非霍奇金淋巴瘤、異物、異位胰腺或胃黏液、腸重複畸形等，其中美克爾憩室最爲常見。患兒發病年齡越大，存在繼發性腸套疊的可能越大。
囊性纖維化病人易發生腸套疊，且可能反覆發作，故需多次復位。其可能原因爲腸道分泌液濃縮以及糞石形成，多見於9～12歲兒童。
腸脹氣遠不及腸套疊那麼嚴重，是因爲腸道功能紊亂所致，有時伴腹痛。一般通過吃易消化的食物、熱敷按摩以及服用助消化藥就能有效緩解。但不可亂用抗生素(消炎藥)，以免菌羣失調進一步導致腸功能紊亂。腸套疊多見於4-6個月的嬰兒，以陣發性哭鬧、腹部摸到包塊、血便爲顯著特點，有些人還可能出現嘔吐。
所謂陣發性，基本是幾分鐘或十幾分鍾發作一次，非常頻繁;包塊多半在右下腹部，即迴腸與盲腸交界處;而血便往往在腸套疊發生後幾小時出現，性狀比較像果醬。由於腸套疊會引起腸黏膜出血及腸管血液循環障礙，套得越深，時間越長，危險越大。如果儘快就診，90%不需要做手術，用低壓空氣灌腸便可復位。但超過一定時間還未就醫，一般都需手術復位，若發生腸壞死的治療困難。
