益生菌最好不要空腹吃，因爲空腹時胃酸值高，容易將益生菌殺滅，效果不好。
益生菌產品雖然也可以單獨食用，但最佳食用時間爲飯後。因爲有食物中和胃酸，更有利於活菌順利到達腸道發揮作用，所以飯後飲用效果更佳。
空腹胃酸高：恐殺滅益生菌
人體在空腹時的胃液pH值約在0.8～2之間，在如此高酸環境中，不難想像胃酸會將益生菌全數殺滅。
反之，在進食時的胃壁細胞亦會被影響而很多排泄胃酸出來，但由於食物自身即扮演著緩衝稀釋胃酸的人物，其中真正胃酸含量並不會太高(大約在pH 4～7之間)，因而在餐間或隨餐服用益生菌亦不會礙事。
此外，約有半數的人並不習慣在空腹時服用某些藥物，因其易產生腸胃不適。而對於寶寶來說，可以選擇在空腹服用效果較好。
益生菌宜在此三個時段服用：防止與熱食混合服用
由此看來，對於寶寶來說最適合吃益生菌的時間應是在餐前服用、隨餐服用或餐後當即服用，此段時刻既沒有胃酸排泄太多的問題，也不會有空腹服用時的不適感。
而益生菌更不易被胃酸破壞，此外，益生菌亦儘量防止與熱食混合服用，避免被破壞。
1、最佳服用時間是早晨，胃酸低，有益於益生菌吸收;
2、可在早飯前或同早餐一起服用效果最佳;
3、37°溫開水，與熱飲熱食隔開30分鐘服用;
4、使用益生菌時與抗生素等藥物間隔至少2個小時;
5、益生菌屬於厭氧菌，獨立小包裝的益生菌開封后可能會被氧化，使活菌變成死菌，一次沒吃完下次服用可能會失效;
6、一般不建議益生菌作爲保健品長期服用，如需長期服用，最好選擇LGG、BB12菌株。
1、因爲益生菌的最大特點是活菌。益生菌菌在保質期內應保持一定數量級，才能起到活菌應有的作用。所以從飲用的效果來說，益生菌要想到達腸胃產生良性作用，首先在銷售過程中要保持存活，所以一般超市將酸奶放在0-4℃環境下，而許多小店都把益生菌酸奶放在常溫下，益生菌存活有限。
2、一般益生菌酸奶的保質期在15-20天，所以消費者應該選擇日期最近的益生菌酸奶。酸奶不能燒煮加熱，也不能用微波爐加熱，否則會結塊，其中的乳酸桿菌也會被殺滅，失去原有的保健作用。因此酸奶只能冷飲，或放在溫水中溫熱後飲用。
