男性感染滴蟲病，可能是因爲女性患有滴蟲性陰道炎，在進行性生活時或者間接接觸的情況下，發生的交叉感染。一旦感染滴蟲病，是不能夠自愈的，需要進行藥物治療。首選的治療藥物是甲硝唑，口服甲硝唑片，一天三次，一次一片，局部使用高錳酸鉀溶液清洗。
滴蟲病具有很強的傳染性，所以男女之間一定要做好交叉隔離措施，而且要男女雙方一起治療，否則反覆發生交叉感染。
男人有滴蟲，建議應該將會陰部的陰毛完全剃除，然後用肥皂水對會陰部進行有效的清洗，一般建議就是用普通的肥皂，或者硫磺軟皁，清洗效果更好。同時應該多喝水，應該吃甲硝唑，甲硝唑推薦每次吃0.5g，每天一次口服，連續治療5-7天。
有可能通過性交導致女性也出現感染，男性如果有滴蟲感染，女性也應該同時檢查、同時治療，避免反覆出現交叉感染。
由於滴蟲常感染男性尿道和尿道周圍腺體，局部用藥難以在尿道或尿道周圍腺體達到有效的治療目的，因此係統用藥優於局部給藥，系統用藥方案可以選擇甲硝唑，治療期間及治療後48小時應避免飲酒，同時避免性行爲。
近年來甲硝唑治療失敗的病例時有報道，治療失敗的常見原因有未遵醫囑用藥、再感染或耐藥。有報道對甲硝唑耐藥或不能耐受的患者用替硝唑治療，可獲得良好效果。
