男性不育患者去醫院做檢查首先就要做精液常規檢查，這是測定男性生育力最基本、最重要的臨牀指標，有關精液的參數是醫師最先需要了解的，患者要注意的是：3—5天不同房再去檢查;最好用手淫方法取標本;要能保證獲得全部精液;2周內複查1—2次。
前列腺液檢查也是診斷男性不育的常見檢查項目。在正常情況下，前列腺液應爲乳白色、偏鹼性，高倍鏡下可明顯見到滿視野微小且可折光的卵磷脂顆粒，並具有精子以及少許的上皮細胞和澱粉樣物質。當有炎症等病症發生後，前列腺液中就會明顯發現大量增多的白細胞以及成堆的膿細胞，卵磷脂顆粒會顯著減少。
男性不育也有可能是染色體和基因方面的異常所導致的，所以遺傳方面也需要做個檢查，對現有性別分化異常或身體有其他遺傳缺陷、無精症和嚴重少精症、有遺傳病家族史、習慣性流產夫婦做染色體及基因檢查，有着十分重要意義。
內分泌異常也有可能會導致男性生殖功能出現問題，內分泌檢查主要是有關性激素T、FSH、LH、PRL、E2的測定和各種激發試驗，如HCG刺激試驗等。
微生物檢查
除了以上原因之外，造成男性不育的還有一個重要原因就是男性的泌尿生殖感染疾病，因此男性不育患者需做與男性泌尿、生殖系統感染有關的病原微生物有細菌、病毒、螺旋體、支原體、衣原體等微生物檢查。
