需從食物中去除不耐受的糖。對原發性不耐受糖的患兒，需長期限制糖，但隨年齡增長對碳水化合物不耐受會有所改善，此時可適當添加一些牛奶、澱粉和糖。對繼發性不耐受糖的患兒，限制糖僅是暫時的，經過數週或數月後，可以逐步恢復正常飲食。
1.麥類過敏所致：
根本的治療是停用所有含麥類的食品。初期應給與含果糖與葡萄糖的食物及脫脂牛奶。待病情好轉逐漸增加蛋白質食品，如豆漿、瘦牛肉、魚、雞肉等。以後酌情增加澱粉及脂肪食品。如再次發生消化不良症狀及腹瀉，立即恢復初期食品。
2. 牛奶過敏所致：
從寶寶的食物中去除牛奶。由於羊奶和馬奶也有交叉過敏反應，所以也不宜服用。如無母奶，可用豆奶、肉湯和酪蛋白水解物代替牛奶。也可改用代乳粉餵養，同時加輔食品，如蛋黃泥、菜泥、胡蘿蔔汁等，以後逐漸增加固體食品即可。
菌羣失調引起的小孩慢性腹瀉怎麼辦需停用所有的抗菌素及皮質激素，然後補充腸道正常菌種，以恢復腸道內微生態平衡，使正常菌種佔據絕對優勢。常用的有雙歧桿菌、乳酸桿菌、糞鏈球菌等。市售的製劑有金雙歧、培菲康、麗珠腸樂、媽咪愛、合生元兒童益生菌沖劑等。除了內服用藥外再配合外貼用藥效果會更好，象丁桂兒臍貼、小兒敷臍止瀉散都是針對小兒腹瀉腹疼輔助治療的外用藥物。
