1、一般治療：呼吸道隔離和氧療。呼吸道隔離可避免患兒再感染和交叉感染，氧療能夠改善患兒身體組織缺氧，方法與一般肺炎相同。
2、抗生素。治療支原體肺炎，可選用能抑制蛋白質合成的抗生素，包括大環內脂尖、四環素類、氯黴素類等。
3、對症處理
祛痰：可以使痰液變稀薄，及時排出，否則同樣會增加細菌感染機會。但有效的祛痰劑很少，在使用祛痰劑的同時，可採用翻身、拍背、霧化、吸痰等方法幫助寶寶祛痰。
止咳：咳嗽是支原體肺炎最爲明顯的症狀，頻繁而劇烈的咳嗽會影響患兒的睡眠質量，不利於康復。可適當給予鎮靜劑。
平喘：對喘憋嚴重者，可選用支氣管擴張劑，如茶鹼、受體激動劑等。
