新生兒通常會皮膚紅潤，但出生後的幾小時內，寶寶的手指和腳趾可能因爲血液循環欠佳而略顯青紫。若骨骼壓力破壞了某些脂肪組織，寶寶的皮膚上就可能出現一些硬腫塊，常見於寶寶的頭部、面頰和脖子處，特別是生產過程中使用過產鉗的地方。這些硬塊可能會向皮膚表面破潰並流出少許清亮的黃色液體，一般情況下，癒合速度會很快。
如果是頭位順產，寶寶出生後的幾天頭部會有少許的變形。這是因爲寶寶出生時爲順應產道，頭部被擠壓顱骨會有所重疊，因此會出現象徵性的頭皮水腫和頭皮挫傷，有時寶寶的顱骨骨膜下會出血，並在頭部皮下組織形成小血腫，通常要數星期後才能消退。
如果胎兒是臀位生產（屁股先出現），頭部通常就不會變形，但寶寶的臀部、生殖器或腳會出現水腫和青紫。如果是臀位，醫生通常會建議進行剖腹產，這樣能夠降低寶寶的出生風險，避免難產。
此外，若是生產過程中產道擠壓導致支配面部肌肉的某些神經損傷，可能導致寶寶臉部不對稱，但會在出生後的幾周逐漸恢復。
醫生將聽診器放在新生兒胸前進行心肺功能檢查，來診斷寶寶是否存在異常，還會觀察新生兒的皮膚顏色和整體身體狀態，看有無疾病的體徵，並檢查脈搏跳動的力量。
寶寶出生後，還需要檢查神經系統是否正常，多爲檢查新生兒的3種重要神經反射，包括擁抱反射、覓食反射和吸吮反射：擁抱反射，當新生兒受到驚嚇時，上下肢會以較慢的速度向外、向前擺動，手伸展；覓食反射，觸摸寶寶的一側嘴脣，他會將頭轉向碰觸的這邊，這個反射能幫新生兒找到乳頭；吸吮反射，把某物體放進新生兒的嘴巴里，他會馬上開始吸吮。
血液檢查
寶寶剛出生時，因爲不易發現，表面的檢查可能會錯過某些嚴重缺陷而對寶寶的健康成長造成阻礙，因此需要進行血液檢測以及早發現和治療缺陷，避免畸形。特別是母親患有傳染性疾病的情況下，一定要進行血液檢查，避免發生敗血症等疾病。
新生兒腹部檢查包括檢查形狀和尺寸，以及檢查內臟器官如腎臟、肝臟和脾臟的大小、形狀和位置。如果有腎臟腫大可能預示着尿路梗阻。
四肢檢查包括檢查新生兒的上、下肢及髖關節的彈性和活動度以發現有無關節錯位。
醫生還會檢查新生兒的生殖器，包括看尿道是否有開口以及是否在正常位置。
男嬰的睾丸應該在陰囊裏面，女嬰因爲母親激素的作用，陰脣明顯，並且在出生後的幾周內呈水腫狀態。
醫生還會檢查寶寶的肛門以確定開口是否閉鎖。
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