長期飲用純淨水，會使得孩子缺乏某種礦物質，而且純淨水在淨化過程中使用的一些工業原料，可能對嬰幼兒肝功能有不良影響。
無色無味、經過多重淨化、幾乎不含任何雜質的純淨水，已成爲人們生活中的主要飲水選擇。然而，長期飲用純淨水卻可能對人體的心血管系統以及免疫功能產生負面影響。
在嚴格的製造工藝之下，加工出產的純淨水雖然除去了水中許多對人體有害的物質成分，但同時也讓水的“營養”大大降低。第三軍醫大學軍事預防醫學院環境衛生學教研室的舒爲羣教授表示，眼下的一項研究表明，相比自來水、淨化水以及經煮沸的涼開水，純淨水中的鈣、鎂、鉀、鈉等宏量元素均降至極低的水平，對人體有益的微量元素也大幅度下降。
舒爲羣表示，對於純淨水，此前科學家進行了一系列的試驗，兩組大鼠分別飲用了純淨水和經煮沸後冷卻的涼開水。結果發現，相比涼開水，純淨水不僅會誘導血脂升高、使仔鼠的精神行爲發育輕微滯後，還使得大鼠體內巨噬細胞的吞噬能力顯著下降，免疫功能以及防禦功能均受不同程度的影響。雖然這些結果並非直接建立在對人的實驗基礎之上，但它至少提醒着人們，缺乏必要的礦物質和微量元素，會影響機體的正常能量代謝。
營養專家認爲，最適合人飲用的，應當是無機物及礦物質含量均適度的無污染天然水。在農村、野外等水源水質良好的地區，無特殊毒物或有機物嚴重污染，僅從微生物安全角度考慮，人們可利用淨水器過濾或煮沸後飲用;而對於申城，儘管水源水質並不算太理想，但在煮沸之後飲用，同樣有利於人體的礦物質和微量元素補充，建議可與純淨水交替飲用。據介紹，鑑於純淨水可能帶來的負面影響，因此對生長期兒童、孕婦、高強度體力活動人羣、肥胖、心血管疾患患者以及免疫功能低下者來說，建議不長期飲用。
