輸卵管系膜囊腫很小是不需要治療的，定期複查就可以了。如果輸卵管系膜囊腫比較大，容易影響輸卵管的蠕動或通暢，需要考慮在腹腔鏡下或開腹手術治療。
最好的手術方式是切開輸卵管系膜囊腫表面的包膜，剝除囊腫後縫合包膜，縫合結束後需要做輸卵管通暢檢查，必要時需要手術後做輸卵管通液治療。
如果輸卵管系膜囊腫導致輸卵管堵塞，可以考慮行一側輸卵管切除。
如果做了輸卵管系膜囊腫手術，手術後如果身體狀況允許，儘早下牀活動，這樣有利於腸蠕動恢復，防止腸粘連的發生。手術後可能會出現少量陰道出血的情況，大約要持續一週左右，這是正常的現象。
但是如果手術後流血多或者持續時間長，就需要去醫院檢查。手術後一個月內可以淋浴，但是不要坐浴，以免造成感染。術後兩個月內不能發生性生活，平時注意保持外陰部衛生。
輸卵管系膜囊腫常常是胚胎的遺蹟，也就是副中腎管的遺蹟。一般來講，系膜囊腫比較小，很小的系膜囊腫對懷孕沒有影響。
但是在某些情況下，輸卵管系膜囊腫也可以長的比較大。如果囊腫超過5cm，最好在懷孕前經腹腔鏡手術剝除。如果囊腫過大，懷孕以後會造成腫物的扭轉或者破裂，有時還會影響到分娩。
輸卵管系膜不至於影響懷孕本身，因爲不會造成輸卵管以及排卵等異常，只是對懷孕後有一定的影響，也僅限於體積比較大的腫物，小的腫物無需過慮，而大的腫物則需懷孕前切除。
